83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0013 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_0013  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  100 
 
 
306 aa  628  1e-179  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0987  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  43.49 
 
 
315 aa  241  1e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.51718 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0020  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.69 
 
 
301 aa  237  2e-61  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0624  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.04 
 
 
302 aa  226  5e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0979  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.14 
 
 
303 aa  214  2e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.290745 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1340  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.47 
 
 
306 aa  212  7e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000744308 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1991  Transcription factor TFIIB cyclin-related  36.86 
 
 
322 aa  201  2e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.204428 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1511  transcription initiation factor IIB  39.64 
 
 
340 aa  197  2e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.939228 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0473  transcription initiation factor IIB  39.29 
 
 
337 aa  196  3e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00145549  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0331  transcription initiation factor IIB  38.93 
 
 
334 aa  196  6e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.554084 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0083  Transcription factor TFIIB cyclin-related  37.93 
 
 
323 aa  194  1e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.404784  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0605  Zinc finger TFIIB-type domain protein  38.83 
 
 
313 aa  193  3e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1038  transcription initiation factor IIB  37.38 
 
 
339 aa  193  3e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0908  transcription initiation factor IIB  37.38 
 
 
339 aa  193  3e-48  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1038  transcription initiation factor IIB  37.38 
 
 
339 aa  192  5e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1050  transcription initiation factor IIB  37.38 
 
 
339 aa  192  5e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1044  transcription initiation factor IIB  37.38 
 
 
339 aa  192  5e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1056  transcription initiation factor IIB  37.38 
 
 
339 aa  192  5e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1341  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  37.1 
 
 
309 aa  192  6e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00144116 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2311  transcription initiation factor IIB  38.57 
 
 
334 aa  192  7e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.969841  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2481  transcription initiation factor IIB  37.8 
 
 
337 aa  192  8e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1639  transcription initiation factor IIB  37.06 
 
 
339 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0554  Transcription factor TFIIB cyclin-related  37.15 
 
 
330 aa  191  2e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.175964  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1187  Transcription factor TFIIB cyclin-related  35.69 
 
 
323 aa  189  6e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0221286  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1155  transcription initiation factor IIB  36.88 
 
 
334 aa  187  2e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2440  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  37.59 
 
 
323 aa  183  2e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0473  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  37.5 
 
 
312 aa  183  3e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0308  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.29 
 
 
320 aa  182  5e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2586  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.29 
 
 
320 aa  182  5e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1424  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.48 
 
 
306 aa  180  2e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1327  Transcription factor TFIIB cyclin-related  36.63 
 
 
326 aa  180  3e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3548  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  37.23 
 
 
349 aa  180  3e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.261257  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0527  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  36.5 
 
 
329 aa  180  3e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534958  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2412  Transcription factor TFIIB cyclin-related  37.1 
 
 
324 aa  179  5e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1219  Transcription factor TFIIB cyclin-related  33.57 
 
 
321 aa  177  2e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0836  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  35.77 
 
 
329 aa  174  1e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2805  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  35.77 
 
 
326 aa  174  1e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1394  transcription initiation factor IIB  37.5 
 
 
337 aa  174  2e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0265  transcription initiation factor IIB  37.11 
 
 
337 aa  173  4e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1896  Transcription factor TFIIB cyclin-related  34.07 
 
 
334 aa  170  2e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3030  Transcription factor TFIIB cyclin-related  34.67 
 
 
327 aa  170  2e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.628736  normal  0.142191 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1495  Transcription factor TFIIB cyclin-related  33.56 
 
 
317 aa  169  7e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.924157 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0963  transcription initiation factor IIB  37.14 
 
 
337 aa  168  8e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  1.42091e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1976  transcription initiation factor IIB  36.14 
 
 
333 aa  168  8e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.525385  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0694  transcription initiation factor IIB  35.09 
 
 
333 aa  165  9e-40  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1667  transcription initiation factor IIB  35.79 
 
 
333 aa  165  9e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.831794  hitchhiker  0.00863869 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0601  Transcription factor TFIIB cyclin-related  34.31 
 
 
324 aa  164  2e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0309  Transcription factor TFIIB cyclin-related  33.68 
 
 
333 aa  163  3e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.137561 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0584  transcription initiation factor IIB  36 
 
 
331 aa  162  6e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0478  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  31.56 
 
 
319 aa  162  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2209  transcription initiation factor IIB  33.33 
 
 
305 aa  162  7e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  3.56449e-06 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2679  Transcription factor TFIIB cyclin-related  32.36 
 
 
317 aa  162  7e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.616816 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4179  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.83 
 
 
321 aa  161  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1513  Zinc finger TFIIB-type domain protein  38.69 
 
 
333 aa  159  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0202903 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5247  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  30.71 
 
 
318 aa  159  6e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0797  transcription initiation factor IIB  31.47 
 
 
336 aa  156  4e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0690  transcription initiation factor IIB  31.13 
 
 
327 aa  156  4e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3037  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  30.71 
 
 
317 aa  156  4e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0517  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  32.74 
 
 
318 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1697  Transcription factor TFIIB cyclin-related  28.41 
 
 
307 aa  129  5e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3140  Zinc finger TFIIB-type domain protein  28.94 
 
 
331 aa  120  4e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2880  Zinc finger TFIIB-type domain protein  26.89 
 
 
308 aa  119  8e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1921  Zinc finger TFIIB-type domain protein  29.69 
 
 
293 aa  111  1e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.235505  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3420  Transcription factor TFIIB cyclin-related  25.76 
 
 
309 aa  109  5e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0072  Transcription factor TFIIB cyclin-related  27.72 
 
 
330 aa  105  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.96574 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0317  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  26.69 
 
 
299 aa  101  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1733  transcription initiation factor IIB  27.59 
 
 
294 aa  100  4e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278852  normal  0.98163 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85155  predicted protein  26 
 
 
350 aa  99.4  7e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1047  Transcription factor TFIIB cyclin-related  25.18 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.235926 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2197  Zinc finger TFIIB-type domain protein  26.54 
 
 
328 aa  96.7  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2168  Transcription factor TFIIB cyclin-related  23.57 
 
 
290 aa  90.9  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01950  transcription initiation factor iib, putative  24.68 
 
 
447 aa  83.6  4e-15  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107157  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04928  transcription initiation protein (AFU_orthologue; AFUA_3G10620)  25.09 
 
 
351 aa  83.2  6e-15  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.381689 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43151  predicted protein  26.58 
 
 
390 aa  79.3  7e-14  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0573  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  22.64 
 
 
298 aa  63.5  4e-09  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.569731  hitchhiker  0.00347492 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1632  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  20.91 
 
 
286 aa  62.8  7e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.178944 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1743  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  25.53 
 
 
298 aa  62.4  9e-09  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.744593  hitchhiker  0.000774381 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0374  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  23.19 
 
 
279 aa  61.2  2e-08  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40669  Transcription factor IIIB 70 kDa subunit (TFIIIB) (B-related factor) (BRF)  22.05 
 
 
570 aa  55.1  1e-06  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.644489  normal 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_30925  predicted protein  24.19 
 
 
601 aa  55.8  1e-06  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.338329  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41529  predicted protein  22.42 
 
 
576 aa  51.2  2e-05  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.137974 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36784  predicted protein  22.42 
 
 
576 aa  51.2  2e-05  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00059248  normal  0.0129799 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1734  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  22.14 
 
 
298 aa  45.1  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.610707 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>