86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_3420 on replicon NC_012030
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012030  Hlac_3420  Transcription factor TFIIB cyclin-related  100 
 
 
309 aa  634    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2880  Zinc finger TFIIB-type domain protein  63.73 
 
 
308 aa  403  1e-111  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3140  Zinc finger TFIIB-type domain protein  61.11 
 
 
331 aa  360  1e-98  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1697  Transcription factor TFIIB cyclin-related  58.82 
 
 
307 aa  357  9.999999999999999e-98  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1047  Transcription factor TFIIB cyclin-related  46.93 
 
 
286 aa  258  1e-67  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.235926 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0317  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  45.52 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0072  Transcription factor TFIIB cyclin-related  46.93 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.96574 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2197  Zinc finger TFIIB-type domain protein  44.67 
 
 
328 aa  240  2.9999999999999997e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2168  Transcription factor TFIIB cyclin-related  44.64 
 
 
290 aa  231  1e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1991  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.2 
 
 
322 aa  229  6e-59  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.204428 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1495  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.28 
 
 
317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.924157 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1327  Transcription factor TFIIB cyclin-related  40.56 
 
 
326 aa  210  3e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4179  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.34 
 
 
321 aa  209  4e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2805  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.19 
 
 
326 aa  205  7e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3030  Transcription factor TFIIB cyclin-related  38.51 
 
 
327 aa  204  1e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.628736  normal  0.142191 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0308  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  37.99 
 
 
320 aa  204  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2586  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.86 
 
 
320 aa  203  2e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2412  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.46 
 
 
324 aa  203  3e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2440  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.86 
 
 
323 aa  202  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0836  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.86 
 
 
329 aa  202  6e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1219  Transcription factor TFIIB cyclin-related  38.7 
 
 
321 aa  201  9e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1896  Transcription factor TFIIB cyclin-related  38.59 
 
 
334 aa  202  9e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2679  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.86 
 
 
317 aa  200  3e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.616816 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0527  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.02 
 
 
329 aa  200  3e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534958  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1187  Transcription factor TFIIB cyclin-related  38.14 
 
 
323 aa  199  5e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0221286  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0083  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.46 
 
 
323 aa  199  6e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.404784  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0309  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.5 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.137561 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0478  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  38.36 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1511  transcription initiation factor IIB  39.93 
 
 
340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.939228 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0473  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  36.79 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3548  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  38.79 
 
 
349 aa  196  5.000000000000001e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.261257  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0554  Transcription factor TFIIB cyclin-related  38.44 
 
 
330 aa  193  4e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.175964  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2311  transcription initiation factor IIB  39.72 
 
 
334 aa  192  5e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.969841  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0473  transcription initiation factor IIB  39.22 
 
 
337 aa  192  5e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00145549  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1155  transcription initiation factor IIB  39.66 
 
 
334 aa  192  6e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2481  transcription initiation factor IIB  38.14 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0331  transcription initiation factor IIB  38.87 
 
 
334 aa  189  8e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.554084 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0601  Transcription factor TFIIB cyclin-related  36.08 
 
 
324 aa  188  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3037  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  38.72 
 
 
317 aa  187  2e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0908  transcription initiation factor IIB  38.97 
 
 
339 aa  186  3e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1038  transcription initiation factor IIB  38.97 
 
 
339 aa  186  4e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1056  transcription initiation factor IIB  38.97 
 
 
339 aa  186  6e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1050  transcription initiation factor IIB  38.97 
 
 
339 aa  186  6e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1038  transcription initiation factor IIB  38.97 
 
 
339 aa  186  6e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1044  transcription initiation factor IIB  38.97 
 
 
339 aa  186  6e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5247  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  37.32 
 
 
318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1639  transcription initiation factor IIB  38.62 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0605  Zinc finger TFIIB-type domain protein  35.44 
 
 
313 aa  180  2e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1394  transcription initiation factor IIB  37.97 
 
 
337 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0963  transcription initiation factor IIB  38.11 
 
 
337 aa  176  3e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000142091  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1424  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  36.84 
 
 
306 aa  176  6e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0265  transcription initiation factor IIB  38.38 
 
 
337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0624  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  33.33 
 
 
302 aa  169  4e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1513  Zinc finger TFIIB-type domain protein  37.72 
 
 
333 aa  168  9e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0202903 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1340  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  31.19 
 
 
306 aa  163  3e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000744308 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2209  transcription initiation factor IIB  35.25 
 
 
305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000356449 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0020  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  30.96 
 
 
301 aa  152  5e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0690  transcription initiation factor IIB  35.47 
 
 
327 aa  150  2e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0987  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  30.36 
 
 
315 aa  149  7e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.51718 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1667  transcription initiation factor IIB  32.33 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.831794  hitchhiker  0.00863869 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0694  transcription initiation factor IIB  32.33 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1976  transcription initiation factor IIB  32.33 
 
 
333 aa  135  7.000000000000001e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.525385  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0584  transcription initiation factor IIB  31.95 
 
 
331 aa  134  3e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0797  transcription initiation factor IIB  28.32 
 
 
336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1341  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  29.7 
 
 
309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00144116 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0013  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  25.76 
 
 
306 aa  109  5e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0979  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  26.87 
 
 
303 aa  103  4e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.290745 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0517  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.04 
 
 
318 aa  102  7e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04928  transcription initiation protein (AFU_orthologue; AFUA_3G10620)  25.52 
 
 
351 aa  98.2  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.381689 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1921  Zinc finger TFIIB-type domain protein  24.64 
 
 
293 aa  95.9  7e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.235505  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85155  predicted protein  22.81 
 
 
350 aa  81.6  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43151  predicted protein  25.79 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1733  transcription initiation factor IIB  24.54 
 
 
294 aa  64.7  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278852  normal  0.98163 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41529  predicted protein  22.67 
 
 
576 aa  59.3  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.137974 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36784  predicted protein  22.67 
 
 
576 aa  59.3  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00059248  normal  0.0129799 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0374  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.37 
 
 
279 aa  57.8  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01950  transcription initiation factor iib, putative  21.05 
 
 
447 aa  58.2  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107157  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_30925  predicted protein  22.26 
 
 
601 aa  57.8  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.338329  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1632  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  24.18 
 
 
286 aa  57  0.0000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.178944 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40669  Transcription factor IIIB 70 kDa subunit (TFIIIB) (B-related factor) (BRF)  23.33 
 
 
570 aa  55.1  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.644489  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0573  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  21.61 
 
 
298 aa  53.5  0.000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.569731  hitchhiker  0.00347492 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00660  transcription factor iiib 70 kd subunit, putative  24.86 
 
 
691 aa  50.4  0.00004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1734  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  22.82 
 
 
298 aa  48.9  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.610707 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03116  transcription factor TFIIIB complex subunit Brf1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12730)  28.47 
 
 
713 aa  48.1  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0572721  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_94516  predicted protein  25.53 
 
 
233 aa  47.8  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0405528  decreased coverage  0.00937964 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1743  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  22.41 
 
 
298 aa  44.7  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.744593  hitchhiker  0.000774381 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>