91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0020 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_0020  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  100 
 
 
301 aa  620  1e-177  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0624  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  77.82 
 
 
302 aa  490  1e-137  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0987  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  60.87 
 
 
315 aa  394  1e-109  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.51718 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1340  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  57.09 
 
 
306 aa  347  1e-94  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000744308 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1424  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  43.52 
 
 
306 aa  269  5e-71  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0584  transcription initiation factor IIB  44.22 
 
 
331 aa  259  3e-68  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0473  transcription initiation factor IIB  43.1 
 
 
337 aa  259  4e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00145549  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2481  transcription initiation factor IIB  43.14 
 
 
337 aa  259  4e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0331  transcription initiation factor IIB  43.43 
 
 
334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.554084 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2311  transcription initiation factor IIB  43.14 
 
 
334 aa  258  7e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.969841  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1976  transcription initiation factor IIB  43.23 
 
 
333 aa  258  1e-67  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.525385  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1667  transcription initiation factor IIB  43.23 
 
 
333 aa  257  1e-67  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.831794  hitchhiker  0.00863869 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0694  transcription initiation factor IIB  43.89 
 
 
333 aa  257  2e-67  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1511  transcription initiation factor IIB  42.76 
 
 
340 aa  256  4e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.939228 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1044  transcription initiation factor IIB  41.72 
 
 
339 aa  251  1e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1050  transcription initiation factor IIB  41.72 
 
 
339 aa  251  1e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1038  transcription initiation factor IIB  41.72 
 
 
339 aa  251  1e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1056  transcription initiation factor IIB  41.72 
 
 
339 aa  251  1e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1155  transcription initiation factor IIB  42.05 
 
 
334 aa  250  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1038  transcription initiation factor IIB  41.39 
 
 
339 aa  250  2e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0908  transcription initiation factor IIB  41.39 
 
 
339 aa  250  2e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2209  transcription initiation factor IIB  43.99 
 
 
305 aa  249  5e-65  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000356449 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1991  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.3 
 
 
322 aa  248  1e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.204428 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1639  transcription initiation factor IIB  41.06 
 
 
339 aa  248  1e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1394  transcription initiation factor IIB  42.95 
 
 
337 aa  241  1e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2586  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.58 
 
 
320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0308  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.58 
 
 
320 aa  239  4e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1219  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.64 
 
 
321 aa  239  5e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1896  Transcription factor TFIIB cyclin-related  40.14 
 
 
334 aa  238  1e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0013  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.69 
 
 
306 aa  237  2e-61  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0473  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.3 
 
 
312 aa  237  2e-61  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0478  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  42.61 
 
 
319 aa  237  2e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1327  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.72 
 
 
326 aa  236  3e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0083  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.1 
 
 
323 aa  235  5.0000000000000005e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.404784  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0963  transcription initiation factor IIB  41.98 
 
 
337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000142091  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2679  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.27 
 
 
317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.616816 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0690  transcription initiation factor IIB  42.66 
 
 
327 aa  233  3e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0265  transcription initiation factor IIB  41.98 
 
 
337 aa  233  3e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0797  transcription initiation factor IIB  38.64 
 
 
336 aa  230  2e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3548  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.69 
 
 
349 aa  229  3e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.261257  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0605  Zinc finger TFIIB-type domain protein  40.61 
 
 
313 aa  229  3e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0554  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.1 
 
 
330 aa  228  7e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.175964  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1495  Transcription factor TFIIB cyclin-related  40.89 
 
 
317 aa  228  1e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.924157 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2440  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.66 
 
 
323 aa  227  2e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0527  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.19 
 
 
329 aa  226  3e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534958  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0836  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.75 
 
 
329 aa  224  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1187  Transcription factor TFIIB cyclin-related  40.34 
 
 
323 aa  223  2e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0221286  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0601  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.03 
 
 
324 aa  223  3e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2805  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.75 
 
 
326 aa  223  3e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5247  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  38.23 
 
 
318 aa  223  4.9999999999999996e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3030  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.31 
 
 
327 aa  222  4.9999999999999996e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.628736  normal  0.142191 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3037  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.16 
 
 
317 aa  221  8e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2412  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.24 
 
 
324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0309  Transcription factor TFIIB cyclin-related  38.91 
 
 
333 aa  216  4e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.137561 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0979  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.43 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.290745 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4179  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  38.95 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1513  Zinc finger TFIIB-type domain protein  40.41 
 
 
333 aa  211  2e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0202903 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1341  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  36.4 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00144116 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1697  Transcription factor TFIIB cyclin-related  35.07 
 
 
307 aa  182  6e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0517  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  32.67 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2880  Zinc finger TFIIB-type domain protein  33.91 
 
 
308 aa  168  8e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3140  Zinc finger TFIIB-type domain protein  34.26 
 
 
331 aa  167  1e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1047  Transcription factor TFIIB cyclin-related  33.11 
 
 
286 aa  158  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.235926 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3420  Transcription factor TFIIB cyclin-related  30.96 
 
 
309 aa  152  4e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0072  Transcription factor TFIIB cyclin-related  32.19 
 
 
330 aa  149  7e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.96574 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2168  Transcription factor TFIIB cyclin-related  31.93 
 
 
290 aa  147  3e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0317  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  32.2 
 
 
299 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1733  transcription initiation factor IIB  30.2 
 
 
294 aa  130  3e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278852  normal  0.98163 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2197  Zinc finger TFIIB-type domain protein  31.76 
 
 
328 aa  129  8.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1921  Zinc finger TFIIB-type domain protein  25.93 
 
 
293 aa  122  8e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.235505  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85155  predicted protein  23.89 
 
 
350 aa  103  3e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1632  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.76 
 
 
286 aa  100  4e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.178944 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0573  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  28.62 
 
 
298 aa  98.2  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.569731  hitchhiker  0.00347492 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43151  predicted protein  26.2 
 
 
390 aa  97.8  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04928  transcription initiation protein (AFU_orthologue; AFUA_3G10620)  23.62 
 
 
351 aa  92.4  8e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.381689 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1743  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  27.69 
 
 
298 aa  88.6  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.744593  hitchhiker  0.000774381 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01950  transcription initiation factor iib, putative  23.51 
 
 
447 aa  87.8  2e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107157  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1734  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  27.96 
 
 
298 aa  83.2  0.000000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.610707 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40669  Transcription factor IIIB 70 kDa subunit (TFIIIB) (B-related factor) (BRF)  25.37 
 
 
570 aa  76.6  0.0000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.644489  normal 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_30925  predicted protein  21.09 
 
 
601 aa  76.6  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.338329  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0374  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.67 
 
 
279 aa  74.3  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1563  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.56 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00660  transcription factor iiib 70 kd subunit, putative  21.99 
 
 
691 aa  61.2  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41529  predicted protein  21.82 
 
 
576 aa  60.5  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.137974 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36784  predicted protein  21.82 
 
 
576 aa  60.5  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00059248  normal  0.0129799 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03116  transcription factor TFIIIB complex subunit Brf1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12730)  27.33 
 
 
713 aa  49.7  0.00006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0572721  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1062  response regulator receiver domain-containing protein  25.97 
 
 
202 aa  44.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.505832 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1706  response regulator receiver domain-containing protein  31.2 
 
 
203 aa  43.9  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_50377  predicted protein  33.33 
 
 
755 aa  43.9  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_94516  predicted protein  19.82 
 
 
233 aa  43.1  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0405528  decreased coverage  0.00937964 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2242  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.5 
 
 
103 aa  42.7  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.486802 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>