90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0473 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0473  transcription initiation factor IIB  100 
 
 
337 aa  683    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00145549  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2311  transcription initiation factor IIB  93.47 
 
 
334 aa  614  1e-175  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.969841  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0331  transcription initiation factor IIB  92.88 
 
 
334 aa  612  9.999999999999999e-175  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.554084 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2481  transcription initiation factor IIB  93.13 
 
 
337 aa  611  9.999999999999999e-175  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1511  transcription initiation factor IIB  89.05 
 
 
340 aa  597  1e-170  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.939228 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1394  transcription initiation factor IIB  84.32 
 
 
337 aa  542  1e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0963  transcription initiation factor IIB  84.32 
 
 
337 aa  533  1e-150  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000142091  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0265  transcription initiation factor IIB  88.89 
 
 
337 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1038  transcription initiation factor IIB  76.97 
 
 
339 aa  476  1e-133  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1044  transcription initiation factor IIB  76.97 
 
 
339 aa  476  1e-133  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1050  transcription initiation factor IIB  76.97 
 
 
339 aa  476  1e-133  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1056  transcription initiation factor IIB  76.97 
 
 
339 aa  476  1e-133  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1038  transcription initiation factor IIB  76.32 
 
 
339 aa  474  1e-132  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1155  transcription initiation factor IIB  75.41 
 
 
334 aa  471  1e-132  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0908  transcription initiation factor IIB  76.32 
 
 
339 aa  474  1e-132  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1639  transcription initiation factor IIB  77.18 
 
 
339 aa  471  1e-132  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0473  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  69.15 
 
 
312 aa  422  1e-117  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1219  Transcription factor TFIIB cyclin-related  65.53 
 
 
321 aa  397  1e-109  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0308  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  61.78 
 
 
320 aa  395  1e-109  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1495  Transcription factor TFIIB cyclin-related  62.5 
 
 
317 aa  394  1e-109  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.924157 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2586  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  62.1 
 
 
320 aa  397  1e-109  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0605  Zinc finger TFIIB-type domain protein  60.66 
 
 
313 aa  389  1e-107  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2679  Transcription factor TFIIB cyclin-related  62.46 
 
 
317 aa  375  1e-103  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.616816 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4179  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  58.31 
 
 
321 aa  371  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0478  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  60.75 
 
 
319 aa  367  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0309  Transcription factor TFIIB cyclin-related  63.67 
 
 
333 aa  362  4e-99  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.137561 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1991  Transcription factor TFIIB cyclin-related  57.24 
 
 
322 aa  351  8.999999999999999e-96  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.204428 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2805  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  55.31 
 
 
326 aa  343  2.9999999999999997e-93  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3037  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  53.87 
 
 
317 aa  341  1e-92  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1187  Transcription factor TFIIB cyclin-related  55.45 
 
 
323 aa  339  4e-92  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0221286  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0836  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  57.79 
 
 
329 aa  338  5.9999999999999996e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3030  Transcription factor TFIIB cyclin-related  57.79 
 
 
327 aa  334  1e-90  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.628736  normal  0.142191 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5247  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  54.95 
 
 
318 aa  334  1e-90  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0554  Transcription factor TFIIB cyclin-related  55.99 
 
 
330 aa  333  3e-90  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.175964  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1327  Transcription factor TFIIB cyclin-related  56.85 
 
 
326 aa  332  6e-90  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0601  Transcription factor TFIIB cyclin-related  52.98 
 
 
324 aa  332  7.000000000000001e-90  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2412  Transcription factor TFIIB cyclin-related  54.14 
 
 
324 aa  331  9e-90  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0083  Transcription factor TFIIB cyclin-related  54.92 
 
 
323 aa  330  3e-89  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.404784  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2440  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  56.85 
 
 
323 aa  330  3e-89  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0527  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  56.15 
 
 
329 aa  329  4e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534958  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1424  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  51.16 
 
 
306 aa  323  2e-87  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3548  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  56.4 
 
 
349 aa  323  3e-87  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.261257  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1896  Transcription factor TFIIB cyclin-related  50.33 
 
 
334 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2209  transcription initiation factor IIB  50.85 
 
 
305 aa  295  8e-79  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000356449 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0690  transcription initiation factor IIB  50.48 
 
 
327 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1667  transcription initiation factor IIB  48.14 
 
 
333 aa  285  7e-76  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.831794  hitchhiker  0.00863869 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1513  Zinc finger TFIIB-type domain protein  56.1 
 
 
333 aa  285  1.0000000000000001e-75  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0202903 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1976  transcription initiation factor IIB  47.8 
 
 
333 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.525385  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0694  transcription initiation factor IIB  47.46 
 
 
333 aa  282  5.000000000000001e-75  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0584  transcription initiation factor IIB  47.12 
 
 
331 aa  281  8.000000000000001e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0020  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  43.1 
 
 
301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0797  transcription initiation factor IIB  43.39 
 
 
336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0624  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  44.03 
 
 
302 aa  262  6e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0987  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.22 
 
 
315 aa  249  4e-65  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.51718 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1340  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.92 
 
 
306 aa  239  4e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000744308 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1697  Transcription factor TFIIB cyclin-related  43.9 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2880  Zinc finger TFIIB-type domain protein  41.55 
 
 
308 aa  224  1e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3140  Zinc finger TFIIB-type domain protein  41.14 
 
 
331 aa  222  9e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0072  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.98 
 
 
330 aa  218  8.999999999999998e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.96574 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0517  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  35.86 
 
 
318 aa  211  2e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0013  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  39.29 
 
 
306 aa  209  6e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1047  Transcription factor TFIIB cyclin-related  40.42 
 
 
286 aa  206  6e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.235926 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0317  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.08 
 
 
299 aa  205  8e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2168  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.98 
 
 
290 aa  205  1e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3420  Transcription factor TFIIB cyclin-related  39.22 
 
 
309 aa  204  2e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0979  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  35.27 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.290745 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1341  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.16 
 
 
309 aa  187  3e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00144116 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2197  Zinc finger TFIIB-type domain protein  37.76 
 
 
328 aa  181  1e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1921  Zinc finger TFIIB-type domain protein  33.22 
 
 
293 aa  181  2e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.235505  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1733  transcription initiation factor IIB  36.09 
 
 
294 aa  179  4e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278852  normal  0.98163 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04928  transcription initiation protein (AFU_orthologue; AFUA_3G10620)  31.61 
 
 
351 aa  149  7e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.381689 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85155  predicted protein  29.75 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1632  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  28.38 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.178944 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01950  transcription initiation factor iib, putative  28.03 
 
 
447 aa  122  9.999999999999999e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107157  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0573  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  31.15 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.569731  hitchhiker  0.00347492 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43151  predicted protein  29.97 
 
 
390 aa  107  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1734  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  33.22 
 
 
298 aa  101  2e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.610707 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1743  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  30.52 
 
 
298 aa  101  2e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.744593  hitchhiker  0.000774381 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0374  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  29.61 
 
 
279 aa  92.4  1e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1563  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  31.27 
 
 
298 aa  90.1  4e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_30925  predicted protein  27.05 
 
 
601 aa  89.7  7e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.338329  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41529  predicted protein  27.3 
 
 
576 aa  86.7  5e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.137974 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36784  predicted protein  27.3 
 
 
576 aa  86.7  5e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00059248  normal  0.0129799 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40669  Transcription factor IIIB 70 kDa subunit (TFIIIB) (B-related factor) (BRF)  25.85 
 
 
570 aa  83.2  0.000000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.644489  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03116  transcription factor TFIIIB complex subunit Brf1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12730)  35.15 
 
 
713 aa  69.3  0.00000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0572721  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00660  transcription factor iiib 70 kd subunit, putative  29.12 
 
 
691 aa  67  0.0000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_94516  predicted protein  22.73 
 
 
233 aa  54.3  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0405528  decreased coverage  0.00937964 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2242  Transcription factor TFIIB cyclin-related  35.62 
 
 
103 aa  47  0.0005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.486802 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0402  Transcription factor TFIIB cyclin-related  34.67 
 
 
102 aa  44.7  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.463752  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2469  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  35.9 
 
 
102 aa  43.5  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>