87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_3140 on replicon NC_012028
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012028  Hlac_3140  Zinc finger TFIIB-type domain protein  100 
 
 
331 aa  672    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2880  Zinc finger TFIIB-type domain protein  69.51 
 
 
308 aa  443  1e-123  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3420  Transcription factor TFIIB cyclin-related  61.11 
 
 
309 aa  377  1e-103  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1697  Transcription factor TFIIB cyclin-related  58.82 
 
 
307 aa  363  2e-99  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1047  Transcription factor TFIIB cyclin-related  50.87 
 
 
286 aa  276  3e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.235926 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0317  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  49.83 
 
 
299 aa  270  2e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0072  Transcription factor TFIIB cyclin-related  52.07 
 
 
330 aa  250  3e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.96574 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2197  Zinc finger TFIIB-type domain protein  44.59 
 
 
328 aa  250  3e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1991  Transcription factor TFIIB cyclin-related  44.67 
 
 
322 aa  246  6e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.204428 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2168  Transcription factor TFIIB cyclin-related  46.5 
 
 
290 aa  236  4e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2440  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  45.3 
 
 
323 aa  233  3e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3548  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  45.79 
 
 
349 aa  233  3e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.261257  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1187  Transcription factor TFIIB cyclin-related  43.65 
 
 
323 aa  232  6e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0221286  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2412  Transcription factor TFIIB cyclin-related  45.52 
 
 
324 aa  231  1e-59  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3030  Transcription factor TFIIB cyclin-related  44.83 
 
 
327 aa  231  2e-59  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.628736  normal  0.142191 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2805  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  42.48 
 
 
326 aa  228  1e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0083  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.45 
 
 
323 aa  228  1e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.404784  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0836  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  43.84 
 
 
329 aa  226  5.0000000000000005e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1495  Transcription factor TFIIB cyclin-related  43.69 
 
 
317 aa  225  7e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.924157 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0527  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  43.62 
 
 
329 aa  225  7e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534958  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1327  Transcription factor TFIIB cyclin-related  43.49 
 
 
326 aa  225  8e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2481  transcription initiation factor IIB  41.21 
 
 
337 aa  224  1e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0601  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.64 
 
 
324 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2311  transcription initiation factor IIB  43.84 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.969841  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0473  transcription initiation factor IIB  41.14 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00145549  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0554  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.01 
 
 
330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.175964  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0331  transcription initiation factor IIB  42.95 
 
 
334 aa  218  7.999999999999999e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.554084 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1511  transcription initiation factor IIB  42.62 
 
 
340 aa  218  7.999999999999999e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.939228 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0473  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.98 
 
 
312 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1896  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.23 
 
 
334 aa  215  8e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2586  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.25 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0478  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  42.76 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2679  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.11 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.616816 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0308  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41.25 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1155  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
334 aa  210  3e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4179  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  42.31 
 
 
321 aa  210  3e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1219  Transcription factor TFIIB cyclin-related  41.46 
 
 
321 aa  209  4e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0309  Transcription factor TFIIB cyclin-related  42.22 
 
 
333 aa  207  2e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.137561 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0908  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
339 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1038  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
339 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.20206 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1056  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
339 aa  206  3e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1038  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
339 aa  206  3e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1050  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
339 aa  206  3e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1044  transcription initiation factor IIB  41.87 
 
 
339 aa  206  3e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0265  transcription initiation factor IIB  43.05 
 
 
337 aa  206  4e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5247  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  41 
 
 
318 aa  206  4e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1639  transcription initiation factor IIB  41.52 
 
 
339 aa  206  6e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0963  transcription initiation factor IIB  40.62 
 
 
337 aa  203  3e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000142091  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3037  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  40.94 
 
 
317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1394  transcription initiation factor IIB  42.12 
 
 
337 aa  200  3e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0605  Zinc finger TFIIB-type domain protein  40.55 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1513  Zinc finger TFIIB-type domain protein  43.36 
 
 
333 aa  187  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0202903 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1424  Transcription factor TFIIB cyclin-related protein  36.59 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0020  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.26 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0987  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  34.36 
 
 
315 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.51718 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0624  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  33.11 
 
 
302 aa  169  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0690  transcription initiation factor IIB  37.87 
 
 
327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2209  transcription initiation factor IIB  36.14 
 
 
305 aa  165  8e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000356449 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1667  transcription initiation factor IIB  37.97 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.831794  hitchhiker  0.00863869 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1976  transcription initiation factor IIB  37.63 
 
 
333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.525385  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0694  transcription initiation factor IIB  37.29 
 
 
333 aa  162  6e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1340  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  33.45 
 
 
306 aa  162  6e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000744308 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0584  transcription initiation factor IIB  37.07 
 
 
331 aa  159  5e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0797  transcription initiation factor IIB  31.47 
 
 
336 aa  154  2e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0013  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  28.94 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0517  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  29.01 
 
 
318 aa  124  3e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0979  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  28.1 
 
 
303 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.290745 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1921  Zinc finger TFIIB-type domain protein  26.37 
 
 
293 aa  106  4e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.235505  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1733  transcription initiation factor IIB  29.73 
 
 
294 aa  105  9e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278852  normal  0.98163 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1341  transcription factor TFIIB cyclin-related protein  26.97 
 
 
309 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00144116 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04928  transcription initiation protein (AFU_orthologue; AFUA_3G10620)  23.72 
 
 
351 aa  83.2  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.381689 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1632  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  25 
 
 
286 aa  82  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.178944 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36784  predicted protein  26.1 
 
 
576 aa  75.9  0.0000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00059248  normal  0.0129799 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41529  predicted protein  26.1 
 
 
576 aa  75.9  0.0000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.137974 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40669  Transcription factor IIIB 70 kDa subunit (TFIIIB) (B-related factor) (BRF)  27.13 
 
 
570 aa  75.9  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.644489  normal 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_30925  predicted protein  25.17 
 
 
601 aa  73.2  0.000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.338329  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43151  predicted protein  24.91 
 
 
390 aa  70.9  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00660  transcription factor iiib 70 kd subunit, putative  23.99 
 
 
691 aa  70.1  0.00000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0374  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.28 
 
 
279 aa  67.8  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0573  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  24.35 
 
 
298 aa  65.5  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.569731  hitchhiker  0.00347492 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85155  predicted protein  21.79 
 
 
350 aa  61.2  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01950  transcription initiation factor iib, putative  21.89 
 
 
447 aa  59.7  0.00000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107157  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03116  transcription factor TFIIIB complex subunit Brf1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12730)  29.88 
 
 
713 aa  58.2  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0572721  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1743  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.25 
 
 
298 aa  53.9  0.000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.744593  hitchhiker  0.000774381 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_94516  predicted protein  26.45 
 
 
233 aa  52  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0405528  decreased coverage  0.00937964 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1734  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.26 
 
 
298 aa  52  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.610707 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1563  zinc finger TFIIB-type domain-containing protein  26.44 
 
 
298 aa  51.6  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>