More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1997 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  47.23 
 
 		 1047 aa  819    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  46.53 
 
 		 1117 aa  868    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  62.96 
 
 		 1115 aa  1356    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1110 aa  2249    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  47.56 
 
 		 1131 aa  880    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  42.72 
 
 		 1107 aa  718    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.37 
 
 		 1057 aa  210  1e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 1161 aa  204  7e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  28.06 
 
 		 1226 aa  198  5.000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  32.14 
 
 		 1196 aa  193  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 		 1074 aa  185  4.0000000000000006e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  32.61 
 
 		 1080 aa  182  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 		 1110 aa  182  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  28.03 
 
 		 1124 aa  181  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  27.52 
 
 		 1156 aa  175  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 		 1123 aa  172  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  26.48 
 
 		 1173 aa  169  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 1173 aa  167  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.67 
 
 		 1119 aa  167  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 1147 aa  166  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  29.39 
 
 		 1149 aa  166  3e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  27.93 
 
 		 1177 aa  165  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  27.22 
 
 		 1125 aa  164  6e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 		 1240 aa  163  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 		 1184 aa  163  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.47 
 
 		 1282 aa  162  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.87 
 
 		 1139 aa  162  4e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  25.42 
 
 		 1161 aa  157  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 		 1159 aa  156  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.94 
 
 		 1203 aa  155  4e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  26.45 
 
 		 1187 aa  154  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  26.89 
 
 		 1164 aa  152  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.32 
 
 		 1156 aa  152  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.35 
 
 		 1197 aa  150  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  31.13 
 
 		 1061 aa  149  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3878  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 		 1111 aa  146  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.59 
 
 		 1183 aa  145  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  26.16 
 
 		 1189 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.2 
 
 		 1173 aa  143  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4021  UvrD/REP helicase  30.35 
 
 		 1111 aa  142  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3984  UvrD/REP helicase  30.37 
 
 		 1111 aa  142  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  27.09 
 
 		 1157 aa  140  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  30.56 
 
 		 833 aa  139  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  24.53 
 
 		 1165 aa  138  6.0000000000000005e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.06 
 
 		 1248 aa  136  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.28 
 
 		 1233 aa  135  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  25.74 
 
 		 1244 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  25.97 
 
 		 1217 aa  135  6e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  25.97 
 
 		 1217 aa  135  6e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.72 
 
 		 1089 aa  134  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.66 
 
 		 1186 aa  134  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  28.92 
 
 		 1185 aa  132  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  24.53 
 
 		 1218 aa  131  6e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.57 
 
 		 1177 aa  131  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  25.63 
 
 		 1182 aa  130  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  30.51 
 
 		 1147 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  29.52 
 
 		 1157 aa  130  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  24.57 
 
 		 1180 aa  128  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  24.67 
 
 		 1180 aa  126  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.34 
 
 		 1207 aa  126  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.13 
 
 		 1242 aa  127  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  24.57 
 
 		 1180 aa  126  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 714 aa  125  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  29.85 
 
 		 1147 aa  125  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 768 aa  125  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  28.99 
 
 		 1121 aa  124  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  24.71 
 
 		 655 aa  125  7e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  29.85 
 
 		 1147 aa  124  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  28.9 
 
 		 1125 aa  124  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 		 1162 aa  124  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  23.86 
 
 		 1054 aa  122  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  28.05 
 
 		 1106 aa  122  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.75 
 
 		 1208 aa  122  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.08 
 
 		 1200 aa  121  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.47 
 
 		 1152 aa  121  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 1051 aa  121  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1439  UvrD/REP helicase  34.74 
 
 		 1195 aa  121  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.325426  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  29.38 
 
 		 1157 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.63 
 
 		 1251 aa  120  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.4 
 
 		 1200 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  28.72 
 
 		 1202 aa  120  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.07 
 
 		 860 aa  120  9.999999999999999e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  30.11 
 
 		 1120 aa  120  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  23.16 
 
 		 1003 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 		 789 aa  120  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  23.05 
 
 		 689 aa  120  1.9999999999999998e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 1121 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.78 
 
 		 1242 aa  120  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 707 aa  119  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.24 
 
 		 805 aa  119  5e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  23.76 
 
 		 1130 aa  118  5e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.05 
 
 		 1244 aa  119  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  24.16 
 
 		 1181 aa  119  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.84 
 
 		 719 aa  118  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  23.93 
 
 		 1270 aa  118  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 805 aa  118  6e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  27.17 
 
 		 726 aa  118  6.9999999999999995e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.55 
 
 		 1392 aa  118  6.9999999999999995e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  21.99 
 
 		 1204 aa  117  8.999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  25.97 
 
 		 788 aa  117  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>