More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2164 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  100 
 
 
247 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  67.22 
 
 
270 aa  320  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  62.1 
 
 
248 aa  295  5e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  61.41 
 
 
245 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  61.48 
 
 
249 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  53.94 
 
 
244 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  45.23 
 
 
243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  55.19 
 
 
245 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  45.27 
 
 
243 aa  205  5e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  42.56 
 
 
243 aa  202  3e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
246 aa  169  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
246 aa  165  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 
246 aa  158  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 
246 aa  158  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
254 aa  151  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
245 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
248 aa  144  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
246 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
255 aa  141  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  36 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.99 
 
 
247 aa  134  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
251 aa  128  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
254 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
244 aa  124  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
249 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
241 aa  118  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
250 aa  118  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
260 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
260 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
260 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
249 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
257 aa  113  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
247 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  35.39 
 
 
249 aa  112  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
249 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.14 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
247 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
256 aa  106  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
256 aa  106  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
256 aa  106  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  32.67 
 
 
254 aa  104  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
254 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
249 aa  100  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
255 aa  99  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
260 aa  98.6  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  32.69 
 
 
260 aa  95.1  8e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
253 aa  93.2  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
250 aa  89.7  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 
260 aa  88.6  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 
270 aa  87.8  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 
270 aa  87  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  28.87 
 
 
240 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  28.87 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  26.95 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
257 aa  82.4  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  27.31 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 
257 aa  80.1  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  27.52 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.61 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0538  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.33 
 
 
265 aa  79.3  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
263 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
245 aa  78.6  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.59 
 
 
260 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
271 aa  78.2  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
257 aa  77  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  28.31 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 
261 aa  77  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.33 
 
 
238 aa  77  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 
261 aa  77  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0326295 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
243 aa  74.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
261 aa  74.7  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.45 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.45 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.45 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.45 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.45 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.45 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  28.64 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.84 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>