More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2172 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2544  geranylgeranyl reductase family protein  100 
 
 
353 aa  703  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2172  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
353 aa  703  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.328813  decreased coverage  7.12182e-10 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  57.14 
 
 
363 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  54.52 
 
 
360 aa  364  1e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  35.04 
 
 
348 aa  223  5e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 
341 aa  187  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  32.68 
 
 
396 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  34.73 
 
 
365 aa  141  2e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  32.84 
 
 
395 aa  134  3e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  28.4 
 
 
391 aa  124  2e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.78 
 
 
390 aa  123  4e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  30.23 
 
 
408 aa  122  8e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  27.02 
 
 
390 aa  122  1e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 
396 aa  119  6e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  29.5 
 
 
390 aa  119  8e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.69 
 
 
390 aa  118  2e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  32.11 
 
 
406 aa  117  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  30.63 
 
 
407 aa  110  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  32.23 
 
 
381 aa  104  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0431  PUA domain-containing protein  33.05 
 
 
397 aa  100  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0962  geranylgeranyl reductase  32.77 
 
 
399 aa  99.4  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  27.32 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1123  geranylgeranyl reductase  30.18 
 
 
402 aa  98.2  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  28.91 
 
 
382 aa  96.3  8e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  28.22 
 
 
387 aa  95.5  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  31.38 
 
 
391 aa  94.7  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  26.45 
 
 
399 aa  94.7  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  26.9 
 
 
380 aa  93.6  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  30.32 
 
 
394 aa  92.8  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  30.32 
 
 
394 aa  92.8  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0365  geranylgeranyl reductase  22.77 
 
 
386 aa  90.9  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.230405  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 
394 aa  89.7  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1447  geranylgeranyl reductase  23.34 
 
 
392 aa  89.4  8e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  27.07 
 
 
376 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0539  geranylgeranyl reductase  22.89 
 
 
391 aa  89  1e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  25.97 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  22.91 
 
 
396 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  7.99674e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.41 
 
 
382 aa  88.2  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  26.09 
 
 
378 aa  88.2  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 
380 aa  88.2  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  31.49 
 
 
398 aa  87.4  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  28.11 
 
 
379 aa  87  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.7 
 
 
389 aa  86.7  6e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1945  geranylgeranyl reductase  29.12 
 
 
398 aa  86.3  8e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1349  geranylgeranyl reductase  22.67 
 
 
392 aa  84.3  3e-15  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  32.65 
 
 
376 aa  84  4e-15  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.46 
 
 
375 aa  83.2  6e-15  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  28.48 
 
 
421 aa  82.8  9e-15  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  26.81 
 
 
380 aa  82.8  9e-15  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1774  FAD dependent oxidoreductase  24.44 
 
 
369 aa  82  1e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.496071 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0714  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 
386 aa  82  1e-14  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0472  geranylgeranyl reductase  22.92 
 
 
385 aa  80.9  3e-14  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1401  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
376 aa  80.1  6e-14  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  23.78 
 
 
368 aa  79.7  7e-14  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  27.93 
 
 
374 aa  79  1e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  34.01 
 
 
399 aa  79  1e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  29.47 
 
 
400 aa  77.8  2e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.56 
 
 
398 aa  77.8  3e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0810  geranylgeranyl reductase  25.57 
 
 
384 aa  77.4  3e-13  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0236364  normal  0.332437 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.09 
 
 
401 aa  77.8  3e-13  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 
384 aa  77.8  3e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  27.95 
 
 
380 aa  77.8  3e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 
384 aa  77.4  4e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 
392 aa  76.6  5e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  24.31 
 
 
376 aa  76.6  5e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.08 
 
 
387 aa  75.9  9e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  23.15 
 
 
370 aa  75.9  1e-12  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  27.85 
 
 
393 aa  75.1  2e-12  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1166  geranylgeranyl reductase  30.29 
 
 
385 aa  74.7  2e-12  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.355185  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  27.82 
 
 
393 aa  74.7  2e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1042  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 
388 aa  74.7  2e-12  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 
443 aa  74.7  2e-12  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 
434 aa  75.1  2e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  26.27 
 
 
384 aa  74.3  3e-12  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0661  geranylgeranyl reductase  24 
 
 
375 aa  73.9  4e-12  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0771  hypothetical protein  27.7 
 
 
379 aa  73.9  4e-12  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0697  FAD dependent oxidoreductase  28.32 
 
 
393 aa  73.6  5e-12  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  28.77 
 
 
413 aa  73.6  5e-12  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  28.69 
 
 
435 aa  73.6  5e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  27.33 
 
 
378 aa  73.2  6e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.24296e-05 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  27.89 
 
 
423 aa  72.8  9e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0399  FAD dependent oxidoreductase  27.78 
 
 
357 aa  72.4  1e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0918847  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  28.27 
 
 
382 aa  72.4  1e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 
423 aa  72  1e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1429  hypothetical protein  29.43 
 
 
395 aa  72  2e-11  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0716636 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0005  geranylgeranyl reductase  29.12 
 
 
360 aa  71.2  2e-11  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  27.41 
 
 
398 aa  72  2e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  31.48 
 
 
405 aa  71.6  2e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  23.77 
 
 
376 aa  72  2e-11  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  29.45 
 
 
400 aa  70.9  3e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  30.34 
 
 
393 aa  70.9  3e-11  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3460  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 
362 aa  70.1  5e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  32.77 
 
 
330 aa  70.1  6e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.14 
 
 
403 aa  69.7  7e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 
424 aa  69.7  7e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  28.8 
 
 
406 aa  69.7  7e-11  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 
402 aa  69.3  9e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2942  hypothetical protein  26.01 
 
 
416 aa  69.3  9e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.33678  normal  0.0128685 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  27.82 
 
 
431 aa  68.6  1e-10  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  27.56 
 
 
425 aa  68.9  1e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>