More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0418 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  100 
 
 
237 aa  477  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  99.58 
 
 
263 aa  475  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  42.47 
 
 
246 aa  152  3e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  43.61 
 
 
241 aa  151  7e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  44.05 
 
 
241 aa  151  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  41.33 
 
 
233 aa  146  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  44.98 
 
 
237 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  41.7 
 
 
262 aa  145  6e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  43.87 
 
 
244 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  40.42 
 
 
243 aa  138  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  41.23 
 
 
244 aa  135  6e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  42.47 
 
 
245 aa  135  6e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  43.64 
 
 
231 aa  134  1e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  34.53 
 
 
239 aa  132  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  39.82 
 
 
246 aa  130  2e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  38.12 
 
 
230 aa  130  2e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  41.15 
 
 
247 aa  130  2e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.53 
 
 
246 aa  129  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  41.07 
 
 
243 aa  129  4e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  35.78 
 
 
247 aa  127  1e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.73 
 
 
243 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  34.23 
 
 
234 aa  127  2e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  33.78 
 
 
234 aa  127  2e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  34.55 
 
 
227 aa  126  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  36.36 
 
 
228 aa  125  8e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  43.86 
 
 
241 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  40.71 
 
 
240 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0964  competence protein F  40.25 
 
 
238 aa  122  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186379  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  39.64 
 
 
240 aa  121  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  41.13 
 
 
241 aa  121  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  36.82 
 
 
242 aa  121  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  40.34 
 
 
230 aa  120  2e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  35.47 
 
 
242 aa  119  4e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.41 
 
 
238 aa  119  5e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  33.33 
 
 
296 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  43.24 
 
 
238 aa  118  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  32.16 
 
 
204 aa  118  7e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  33.19 
 
 
231 aa  117  2e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  34.02 
 
 
247 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  36.99 
 
 
223 aa  115  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  2.98653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  34.2 
 
 
232 aa  115  8e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  37.5 
 
 
252 aa  114  1e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.78 
 
 
238 aa  114  2e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  40.09 
 
 
258 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02872  competence protein F  53.98 
 
 
118 aa  110  2e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  34.22 
 
 
229 aa  110  2e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  40.49 
 
 
293 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  35.68 
 
 
268 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  30.86 
 
 
258 aa  109  4e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  33.89 
 
 
274 aa  108  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.36 
 
 
245 aa  108  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  37.07 
 
 
250 aa  108  7e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  33.47 
 
 
268 aa  108  7e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  37.56 
 
 
233 aa  108  8e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1942  phosphoribosyltransferase  32.31 
 
 
247 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  33.94 
 
 
233 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  34.38 
 
 
262 aa  106  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  32.5 
 
 
243 aa  106  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  40.08 
 
 
240 aa  105  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  33.07 
 
 
262 aa  105  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.11 
 
 
233 aa  105  6e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  35.68 
 
 
233 aa  105  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  30.13 
 
 
258 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  37.2 
 
 
227 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  31.17 
 
 
239 aa  104  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  33.79 
 
 
268 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  31.19 
 
 
233 aa  103  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  29.87 
 
 
230 aa  103  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  35.04 
 
 
259 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  39.36 
 
 
286 aa  102  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  28.19 
 
 
245 aa  102  5e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3242  phosphoribosyltransferase  39.61 
 
 
235 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.284089  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  32.88 
 
 
235 aa  102  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  33.65 
 
 
242 aa  102  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  31.88 
 
 
245 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  35.27 
 
 
249 aa  101  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  28.44 
 
 
243 aa  101  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  35.37 
 
 
256 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.61 
 
 
215 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  32.02 
 
 
236 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  27.71 
 
 
230 aa  100  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  33.19 
 
 
261 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  28.37 
 
 
226 aa  99.8  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  34.07 
 
 
270 aa  99.8  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
261 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  31.95 
 
 
241 aa  99  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  35.4 
 
 
254 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  36.53 
 
 
239 aa  98.6  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  34.01 
 
 
266 aa  98.6  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  35.61 
 
 
217 aa  98.2  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  32.61 
 
 
271 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  33.02 
 
 
263 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  30.83 
 
 
266 aa  97.8  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  33.02 
 
 
263 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  33.02 
 
 
263 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  34.65 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  36.15 
 
 
233 aa  96.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  28.63 
 
 
250 aa  96.3  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.83907e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  33.02 
 
 
263 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  34.51 
 
 
272 aa  95.5  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>