More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0391 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  100 
 
 		 243 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  86.42 
 
 		 243 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  85.95 
 
 		 243 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  73.88 
 
 		 245 aa  359  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  64.61 
 
 		 244 aa  322  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  62.45 
 
 		 246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  61.73 
 
 		 244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  63.95 
 
 		 238 aa  274  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  59.56 
 
 		 241 aa  254  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  56.7 
 
 		 246 aa  247  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  56.89 
 
 		 241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  40.16 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  43.5 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  41.26 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  39.17 
 
 		 234 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  38.71 
 
 		 234 aa  159  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  46.64 
 
 		 237 aa  158  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  40.37 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  38.99 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  37.9 
 
 		 262 aa  145  6e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  40.38 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  35.87 
 
 		 227 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  39.82 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  39.37 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  39.82 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  40.42 
 
 		 237 aa  138  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  39.38 
 
 		 228 aa  139  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  41.26 
 
 		 258 aa  138  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  40.42 
 
 		 263 aa  138  7e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  38.12 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.48 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  36.93 
 
 		 261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  37.18 
 
 		 255 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  37.17 
 
 		 227 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  39.52 
 
 		 230 aa  129  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  37.39 
 
 		 268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  37.94 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  34.19 
 
 		 247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  38.6 
 
 		 233 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  39.82 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  38.39 
 
 		 231 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  36.99 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  37.55 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  36.07 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  36.53 
 
 		 227 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  36.53 
 
 		 227 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  34.73 
 
 		 286 aa  125  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  36.53 
 
 		 227 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  36.53 
 
 		 227 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  36.53 
 
 		 227 aa  125  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  36.53 
 
 		 227 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  36.36 
 
 		 229 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  35.62 
 
 		 227 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  35.62 
 
 		 227 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  35.14 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  35.62 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  36.53 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  35.62 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  36.89 
 
 		 240 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  39.32 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.45 
 
 		 251 aa  122  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  34.4 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  37.61 
 
 		 243 aa  122  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  36.07 
 
 		 227 aa  122  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  36.75 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  38.17 
 
 		 250 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  37.5 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  31.53 
 
 		 204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  35.53 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  40 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  37.78 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  31.65 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  36.44 
 
 		 238 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  36.4 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0964  competence protein F  40.59 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186379  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  37.66 
 
 		 271 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  39.52 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  37.1 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  41.35 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  33.51 
 
 		 185 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  32.66 
 
 		 250 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  28.38 
 
 		 230 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  30.77 
 
 		 245 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  36 
 
 		 222 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  31.98 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  32.54 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  37.66 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  32.29 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  30.18 
 
 		 230 aa  112  7.000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  36.75 
 
 		 245 aa  109  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001878  predicted amidophosphoribosyltransferase  33.52 
 
 		 180 aa  108  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  34.8 
 
 		 274 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.22 
 
 		 238 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  37.38 
 
 		 255 aa  108  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0669  ComF family protein  42.35 
 
 		 255 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0504  putative competence protein  42.35 
 
 		 255 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0486  putative competence protein  42.35 
 
 		 255 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3200  ComF family protein  42.35 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2846  ComF family protein  42.35 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0173  ComF family protein  42.35 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>