More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0234 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  100 
 
 
240 aa  477  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  88.75 
 
 
240 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  72.93 
 
 
240 aa  301  8.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  50.67 
 
 
279 aa  191  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  50 
 
 
222 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  47.35 
 
 
268 aa  174  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  46.89 
 
 
261 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  45.64 
 
 
261 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  42.79 
 
 
239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  47.35 
 
 
255 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  49.12 
 
 
257 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  45.68 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  47.54 
 
 
270 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  39.32 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  42.79 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  40.76 
 
 
247 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  41.13 
 
 
230 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2861  phosphoribosyltransferase  46.84 
 
 
265 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.603337 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  39.42 
 
 
247 aa  142  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2236  phosphoribosyltransferase  47.48 
 
 
266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  41.42 
 
 
262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2850  phosphoribosyltransferase  47.68 
 
 
265 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  41.23 
 
 
246 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  46.29 
 
 
237 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6179  phosphoribosyltransferase  48.51 
 
 
263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  44.25 
 
 
242 aa  135  8e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0504  putative competence protein  45.13 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0486  putative competence protein  45.13 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0669  ComF family protein  45.13 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  42.79 
 
 
230 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  41.62 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3200  ComF family protein  45.13 
 
 
242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2846  ComF family protein  45.13 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1419  ComF family protein  45.13 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0173  ComF family protein  45.13 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  39.13 
 
 
241 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  42.92 
 
 
242 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  38.57 
 
 
242 aa  128  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  38.59 
 
 
255 aa  128  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  40.34 
 
 
271 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  38.86 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  38.39 
 
 
245 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  40.71 
 
 
263 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  40.71 
 
 
237 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  36.89 
 
 
243 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  38.39 
 
 
244 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  36.44 
 
 
241 aa  122  4e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  36.44 
 
 
241 aa  122  5e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  36.84 
 
 
233 aa  122  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.49 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  34.72 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.44 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  34.26 
 
 
234 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  38.5 
 
 
241 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  33.33 
 
 
296 aa  118  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  36.92 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  40.44 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.56 
 
 
238 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  34.15 
 
 
243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  37.6 
 
 
242 aa  115  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4395  ComF family protein  39.15 
 
 
238 aa  115  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.136408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  33.79 
 
 
231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1942  phosphoribosyltransferase  34.85 
 
 
247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  39.3 
 
 
238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  32.55 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  34.12 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.89 
 
 
227 aa  110  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  33.01 
 
 
229 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  32.43 
 
 
204 aa  108  6e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  35.64 
 
 
232 aa  108  6e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  31.34 
 
 
220 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35 
 
 
238 aa  107  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  38.81 
 
 
258 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  38.16 
 
 
259 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  38.8 
 
 
227 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  36 
 
 
230 aa  105  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  31.03 
 
 
245 aa  104  1e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  36.97 
 
 
247 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  37.76 
 
 
251 aa  103  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  34.76 
 
 
241 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  37.13 
 
 
293 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  34.23 
 
 
268 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  39.66 
 
 
213 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  31.3 
 
 
245 aa  102  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  35.58 
 
 
268 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  33.05 
 
 
286 aa  101  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  32.7 
 
 
231 aa  101  9e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  37.14 
 
 
262 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.44 
 
 
233 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  34.48 
 
 
276 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000245098  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  33.91 
 
 
266 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  30.39 
 
 
240 aa  99.4  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  33.62 
 
 
233 aa  99.4  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  34.76 
 
 
262 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  37.82 
 
 
241 aa  99  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  35 
 
 
242 aa  99  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  38.55 
 
 
249 aa  98.2  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  34.58 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  33.67 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  35.81 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>