299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0107 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
272 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  92.52 
 
 
254 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  81.62 
 
 
271 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  83.73 
 
 
269 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  70.2 
 
 
270 aa  365  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  70.7 
 
 
271 aa  364  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  74.58 
 
 
267 aa  349  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  53.85 
 
 
264 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  49.79 
 
 
262 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  51.57 
 
 
268 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  51.53 
 
 
262 aa  228  6e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  52.67 
 
 
255 aa  228  8e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  50.86 
 
 
255 aa  227  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  49.59 
 
 
258 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  49.8 
 
 
255 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  51.53 
 
 
262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  50.43 
 
 
253 aa  216  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  50.61 
 
 
255 aa  215  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  50.22 
 
 
236 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  46.61 
 
 
258 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  46.19 
 
 
258 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  54.87 
 
 
264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  47.71 
 
 
270 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  46.35 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  46.41 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  47.08 
 
 
246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  52.16 
 
 
279 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  0.0000849043 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  43.7 
 
 
255 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  45.11 
 
 
260 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  40.68 
 
 
243 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  44.21 
 
 
248 aa  155  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  44.13 
 
 
217 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  41.13 
 
 
240 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  42.59 
 
 
215 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  39.39 
 
 
240 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  39.41 
 
 
242 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  39.83 
 
 
240 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  29.13 
 
 
230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  38.53 
 
 
243 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  37.34 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.8 
 
 
242 aa  132  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  36.68 
 
 
259 aa  132  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  41.63 
 
 
238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  31.47 
 
 
230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  35.5 
 
 
229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.87 
 
 
238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  40.25 
 
 
258 aa  128  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  37.9 
 
 
239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  36.09 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  37.16 
 
 
239 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  33.48 
 
 
227 aa  122  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  41 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  37.26 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  34.04 
 
 
245 aa  116  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  33.62 
 
 
228 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  40.21 
 
 
213 aa  115  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.8 
 
 
233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  28.63 
 
 
245 aa  111  2.0000000000000002e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  32.71 
 
 
239 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  29.26 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  25.19 
 
 
270 aa  109  4.0000000000000004e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  31.03 
 
 
230 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  34.32 
 
 
239 aa  109  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  35.81 
 
 
279 aa  108  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  33.91 
 
 
233 aa  109  6e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  36.64 
 
 
233 aa  108  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  37.5 
 
 
227 aa  108  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.43 
 
 
251 aa  107  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  29.84 
 
 
239 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  28.82 
 
 
234 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  33.77 
 
 
244 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  28.57 
 
 
220 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  34.31 
 
 
262 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  33.63 
 
 
242 aa  106  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  35.93 
 
 
230 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  34.5 
 
 
246 aa  104  1e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  36.15 
 
 
244 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  34.39 
 
 
233 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  34.04 
 
 
249 aa  103  3e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  33.96 
 
 
231 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  37.61 
 
 
237 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  34.51 
 
 
237 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  34.51 
 
 
263 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
246 aa  102  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  31.17 
 
 
230 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  26.84 
 
 
245 aa  99.8  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  31.14 
 
 
227 aa  98.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0225  phosphoribosyltransferase  40.96 
 
 
222 aa  98.6  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000513263  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  36.57 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  35.81 
 
 
232 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  34.27 
 
 
244 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.07 
 
 
243 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  32.91 
 
 
227 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  37.5 
 
 
226 aa  97.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  33.78 
 
 
246 aa  97.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  28.32 
 
 
231 aa  96.3  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  30.13 
 
 
232 aa  96.3  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  29.2 
 
 
226 aa  96.3  5e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.8 
 
 
246 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  30.43 
 
 
223 aa  95.9  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>