270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3529 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  100 
 
 		 293 aa  593  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  52.57 
 
 		 268 aa  270  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  50.53 
 
 		 268 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  50.53 
 
 		 268 aa  268  7e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  51.29 
 
 		 274 aa  265  5e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  49.82 
 
 		 262 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  50 
 
 		 263 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  50.92 
 
 		 263 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  51.3 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  49.82 
 
 		 263 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  50 
 
 		 252 aa  255  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  49.47 
 
 		 249 aa  253  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  50.18 
 
 		 263 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  50.19 
 
 		 262 aa  253  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  49.44 
 
 		 266 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  50.75 
 
 		 250 aa  242  7e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  41.34 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  39.11 
 
 		 232 aa  123  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  41.34 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  36.48 
 
 		 204 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  37.14 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  37.1 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  38.38 
 
 		 244 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  35.71 
 
 		 247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  37.97 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  35.8 
 
 		 233 aa  114  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  39.89 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  40.11 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  39.01 
 
 		 241 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  37.84 
 
 		 246 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  36.57 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  28.68 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  32.37 
 
 		 243 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  40.49 
 
 		 263 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  40.49 
 
 		 237 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  36 
 
 		 230 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  39.77 
 
 		 237 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  36.56 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.3 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  30.83 
 
 		 268 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  29.28 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  33.18 
 
 		 227 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  34.78 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  35.04 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  37.13 
 
 		 240 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  35.11 
 
 		 273 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  35.36 
 
 		 228 aa  102  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  37.13 
 
 		 240 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  33.51 
 
 		 185 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.7 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  38.59 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  36.67 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  34.81 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  32.39 
 
 		 242 aa  98.6  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.78 
 
 		 238 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  33.52 
 
 		 231 aa  98.2  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  28.52 
 
 		 261 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  36.07 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  37.16 
 
 		 227 aa  97.1  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  36.46 
 
 		 238 aa  96.7  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  33.92 
 
 		 241 aa  95.9  7e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  33.73 
 
 		 255 aa  95.9  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  35.98 
 
 		 251 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  27.21 
 
 		 241 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  35.84 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  32.58 
 
 		 242 aa  94.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  30.74 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  34.22 
 
 		 231 aa  93.2  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  28.21 
 
 		 230 aa  92.8  6e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0548  amidophosphoribosyltransferase  34.95 
 
 		 217 aa  92.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0531  hypothetical protein  34.95 
 
 		 217 aa  92.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  29.67 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  33.48 
 
 		 241 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  38.74 
 
 		 213 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  26.98 
 
 		 220 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001878  predicted amidophosphoribosyltransferase  33.89 
 
 		 180 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  36.02 
 
 		 229 aa  90.5  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 233 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  34.81 
 
 		 258 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  31.32 
 
 		 227 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  31.11 
 
 		 243 aa  89.7  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3989  gluconate periplasmic binding protein  33.68 
 
 		 233 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3749  gluconate periplasmic binding protein  33.68 
 
 		 233 aa  89.4  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0164  gluconate periplasmic binding protein  33.68 
 
 		 233 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  28.34 
 
 		 270 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  32.58 
 
 		 230 aa  88.6  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  35.03 
 
 		 257 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  31.32 
 
 		 227 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  30.3 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  31.32 
 
 		 227 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  33.5 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  29.74 
 
 		 253 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  31.92 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02872  competence protein F  45.13 
 
 		 118 aa  85.9  7e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 239 aa  85.9  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  27.24 
 
 		 230 aa  85.5  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  33.56 
 
 		 270 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  31.58 
 
 		 239 aa  85.5  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>