More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3771 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  100 
 
 		 239 aa  481  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  93.31 
 
 		 239 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  55.51 
 
 		 238 aa  267  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  50.23 
 
 		 238 aa  231  7.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  50 
 
 		 242 aa  231  7.000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  49.36 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  45.26 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  45.02 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  41.2 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  42.08 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  38.24 
 
 		 270 aa  154  9e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  42.45 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  39.08 
 
 		 271 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  38.49 
 
 		 262 aa  149  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  40.09 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  39.53 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  39.74 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  40.48 
 
 		 271 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  41.43 
 
 		 217 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  38.46 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  35.21 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  38.79 
 
 		 255 aa  139  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  37.97 
 
 		 255 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  34.33 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  37.87 
 
 		 272 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  37.08 
 
 		 255 aa  135  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  37.77 
 
 		 248 aa  134  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  34.85 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  38.3 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  40.6 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.47 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  35.17 
 
 		 262 aa  132  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  38.2 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  37.66 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  35.32 
 
 		 253 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  38.4 
 
 		 251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  37.34 
 
 		 255 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  35.68 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  32.51 
 
 		 245 aa  128  9.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  32.49 
 
 		 230 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  37.87 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  35.74 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  31.22 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  35.17 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  36.44 
 
 		 251 aa  125  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  34.75 
 
 		 258 aa  125  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  35.17 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  38.4 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  36.19 
 
 		 269 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  30.74 
 
 		 220 aa  122  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  36.61 
 
 		 246 aa  121  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  36.75 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  36.36 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  36.71 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  35.06 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  35.59 
 
 		 269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.71 
 
 		 233 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  32.64 
 
 		 249 aa  119  6e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  32.47 
 
 		 234 aa  118  9e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  37.09 
 
 		 244 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  32.47 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  34.6 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0090  phosphoribosyltransferase  29.69 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  35.02 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  34.04 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  35.59 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  38.3 
 
 		 258 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  36.91 
 
 		 270 aa  115  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  31.33 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  34.89 
 
 		 260 aa  115  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  33.47 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  35.17 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  40.24 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  36.02 
 
 		 237 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  41.31 
 
 		 279 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  0.0000849043 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  33.61 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  44.65 
 
 		 215 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  35.94 
 
 		 244 aa  111  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  34.32 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0225  phosphoribosyltransferase  40.49 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000513263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0797  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.29 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.582256  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  38.66 
 
 		 238 aa  108  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  34.45 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  33.61 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  38.96 
 
 		 237 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  35.5 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  30.93 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  37.02 
 
 		 215 aa  106  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  33.48 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  33.05 
 
 		 240 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  34.42 
 
 		 258 aa  105  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0200  competence protein  33.19 
 
 		 269 aa  105  8e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  32.31 
 
 		 242 aa  104  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  33.91 
 
 		 263 aa  105  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2857  phosphoribosyltransferase  38.66 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  33.47 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000228235  hitchhiker  0.000000230998 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  33.91 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  34.75 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  31.9 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.92 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>