More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2401 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
208 aa  420  1e-117  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  76.44 
 
 
207 aa  322  2e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  76.44 
 
 
207 aa  320  7e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  63.46 
 
 
207 aa  273  9e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  64.42 
 
 
207 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  60.1 
 
 
207 aa  267  7e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  59.62 
 
 
207 aa  267  8e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  58.65 
 
 
207 aa  262  3e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  3e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
207 aa  258  4e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  60.1 
 
 
207 aa  256  2e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  59.42 
 
 
207 aa  254  7e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  59.42 
 
 
207 aa  254  7e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  59.42 
 
 
207 aa  251  7e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  57.69 
 
 
205 aa  239  2e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  50 
 
 
207 aa  214  8e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  50.96 
 
 
206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  50 
 
 
206 aa  212  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  49.04 
 
 
207 aa  207  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  48.08 
 
 
206 aa  204  6e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  48.08 
 
 
207 aa  204  6e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  48.08 
 
 
206 aa  204  8e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  47.6 
 
 
207 aa  201  7e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  47.34 
 
 
207 aa  200  9.999999999999999e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  46.38 
 
 
208 aa  199  3e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  44.71 
 
 
208 aa  198  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  45.93 
 
 
208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
204 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.67 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
204 aa  195  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  46.63 
 
 
207 aa  194  7e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  50.72 
 
 
207 aa  191  5e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  47.85 
 
 
207 aa  191  7e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  43.54 
 
 
207 aa  187  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  44.23 
 
 
207 aa  187  8e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  45.41 
 
 
207 aa  184  8e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  41.46 
 
 
223 aa  181  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  44.72 
 
 
208 aa  181  8.000000000000001e-45  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  42.99 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  45.59 
 
 
206 aa  180  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  45.45 
 
 
209 aa  179  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  43.48 
 
 
206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  45.24 
 
 
208 aa  177  9e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  44.44 
 
 
206 aa  176  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  46.23 
 
 
208 aa  171  9e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  45.67 
 
 
206 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  41.54 
 
 
223 aa  169  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  40.87 
 
 
207 aa  169  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  42.03 
 
 
208 aa  168  6e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  41.54 
 
 
221 aa  167  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  43.63 
 
 
210 aa  166  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000586581  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  43.84 
 
 
209 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  43.5 
 
 
212 aa  165  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  42.71 
 
 
208 aa  165  5e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1227  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
217 aa  164  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150568  unclonable  0.0000101553 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  45.19 
 
 
208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  43.22 
 
 
208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  43.15 
 
 
210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  38.35 
 
 
209 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  42.03 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  41.59 
 
 
212 aa  161  7e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  42.71 
 
 
208 aa  161  8.000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  39.64 
 
 
223 aa  160  1e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  37.56 
 
 
221 aa  159  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1341  ribosomal protein L4/L1e  46.32 
 
 
210 aa  159  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  40.58 
 
 
209 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  38.94 
 
 
222 aa  158  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  39.9 
 
 
215 aa  158  5e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  42.03 
 
 
209 aa  157  8e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 
207 aa  157  9e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  39.42 
 
 
208 aa  157  9e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  39.13 
 
 
220 aa  157  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000530014  hitchhiker  0.00000000000031805 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  37.85 
 
 
214 aa  157  1e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1934  50S ribosomal protein L4  43.75 
 
 
206 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  41.35 
 
 
207 aa  156  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  37.75 
 
 
210 aa  155  3e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  43 
 
 
210 aa  155  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4275  50S ribosomal protein L4  42.27 
 
 
201 aa  155  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000159231  unclonable  0.00000000000448849 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_418  ribosomal protein L4  37.25 
 
 
210 aa  155  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00538527  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  39.34 
 
 
222 aa  155  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  38.16 
 
 
208 aa  154  6e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0452  50S ribosomal protein L4  37.25 
 
 
210 aa  154  6e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000515236  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0427  50S ribosomal protein L4  43.23 
 
 
200 aa  154  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000154423  decreased coverage  0.00000614317 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
206 aa  154  8e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  43 
 
 
212 aa  154  8e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  41.29 
 
 
210 aa  154  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  43.27 
 
 
206 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0422  50S ribosomal protein L4  43.65 
 
 
202 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00655238  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0490  50S ribosomal protein L4  36.63 
 
 
209 aa  153  2e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.789827  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0961  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 
204 aa  152  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000392469  hitchhiker  0.00000164794 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  41.9 
 
 
210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>