More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1655 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  97.44 
 
 		 351 aa  706    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 351 aa  726    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  81.71 
 
 		 343 aa  580  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.46 
 
 		 360 aa  512  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.11 
 
 		 346 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.41 
 
 		 347 aa  499  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.62 
 
 		 351 aa  489  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.01 
 
 		 371 aa  438  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  53.53 
 
 		 371 aa  358  7e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  49.55 
 
 		 342 aa  354  2e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  49 
 
 		 372 aa  349  5e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  49.57 
 
 		 372 aa  348  6e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  49 
 
 		 372 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  48.71 
 
 		 377 aa  329  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.7 
 
 		 367 aa  317  3e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  45.14 
 
 		 375 aa  316  4e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  43.98 
 
 		 369 aa  315  9.999999999999999e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  48.83 
 
 		 363 aa  312  5.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  48.83 
 
 		 362 aa  312  5.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  46.59 
 
 		 360 aa  310  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.4 
 
 		 364 aa  310  2e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.15 
 
 		 354 aa  308  6.999999999999999e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.7 
 
 		 372 aa  308  8e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  44.57 
 
 		 366 aa  306  3e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  44.17 
 
 		 358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 		 373 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.11 
 
 		 373 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  43.47 
 
 		 376 aa  302  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.16 
 
 		 373 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  48.04 
 
 		 359 aa  301  8.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  46.9 
 
 		 356 aa  301  8.000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  44.2 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  43.39 
 
 		 382 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  43.39 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 373 aa  301  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.25 
 
 		 373 aa  301  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  43.39 
 
 		 382 aa  300  2e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.18 
 
 		 371 aa  300  2e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  42.18 
 
 		 372 aa  300  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.25 
 
 		 358 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.43 
 
 		 373 aa  299  4e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  44.32 
 
 		 383 aa  299  5e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.45 
 
 		 356 aa  299  5e-80  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44 
 
 		 373 aa  299  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.98 
 
 		 381 aa  299  6e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 		 373 aa  298  7e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 		 373 aa  298  7e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 		 373 aa  298  7e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 		 373 aa  298  7e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  41.98 
 
 		 362 aa  298  9e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  44.03 
 
 		 383 aa  297  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.68 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.68 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  44.74 
 
 		 349 aa  298  1e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  42.3 
 
 		 381 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  42.3 
 
 		 381 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  42.3 
 
 		 381 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  42.3 
 
 		 381 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  43.97 
 
 		 383 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  42.24 
 
 		 382 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  41.88 
 
 		 370 aa  296  3e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  41.88 
 
 		 370 aa  296  3e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  43.94 
 
 		 425 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  42.12 
 
 		 378 aa  296  5e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  41.67 
 
 		 382 aa  295  6e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  42.24 
 
 		 382 aa  295  8e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  43.67 
 
 		 425 aa  295  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.23 
 
 		 386 aa  294  1e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  44.69 
 
 		 399 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  42.53 
 
 		 378 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  44.63 
 
 		 371 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 373 aa  294  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  43.1 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  46.18 
 
 		 399 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  42.53 
 
 		 379 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.4 
 
 		 356 aa  293  3e-78  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 398 aa  293  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  46.71 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  45.7 
 
 		 411 aa  293  4e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  45.7 
 
 		 411 aa  292  5e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.93 
 
 		 354 aa  292  6e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  45.4 
 
 		 413 aa  292  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  43.92 
 
 		 377 aa  291  8e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  44.19 
 
 		 428 aa  291  8e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  45.88 
 
 		 398 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  44.96 
 
 		 399 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  45.7 
 
 		 411 aa  290  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  41.62 
 
 		 384 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  43.6 
 
 		 410 aa  291  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.65 
 
 		 380 aa  290  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  44.89 
 
 		 390 aa  290  4e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  41.78 
 
 		 374 aa  289  4e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  41.82 
 
 		 430 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  41.5 
 
 		 384 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  41.78 
 
 		 383 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  45.4 
 
 		 408 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.51 
 
 		 356 aa  288  7e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.81 
 
 		 356 aa  288  9e-77  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>