More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR0077 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  97.81 
 
 
411 aa  832    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  80.45 
 
 
410 aa  690    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  100 
 
 
411 aa  847    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  82.4 
 
 
408 aa  699    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  82.04 
 
 
413 aa  712    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  80.29 
 
 
408 aa  689    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  99.76 
 
 
411 aa  844    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  81.49 
 
 
409 aa  690    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  74.69 
 
 
414 aa  632  1e-180  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  70.42 
 
 
399 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  70.16 
 
 
399 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  69.9 
 
 
403 aa  561  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  69.63 
 
 
399 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  69.74 
 
 
397 aa  558  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  69.11 
 
 
427 aa  557  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  68.06 
 
 
398 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  69.74 
 
 
414 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  65.97 
 
 
425 aa  535  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  65.72 
 
 
425 aa  533  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  65.46 
 
 
425 aa  531  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  65.26 
 
 
391 aa  529  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  63.43 
 
 
399 aa  523  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  66.93 
 
 
399 aa  521  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  63.78 
 
 
431 aa  519  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  64.21 
 
 
430 aa  513  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  63.52 
 
 
431 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  63.04 
 
 
392 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  63.04 
 
 
392 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  63.04 
 
 
392 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  60 
 
 
391 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  63.51 
 
 
410 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  58.65 
 
 
396 aa  474  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  56.1 
 
 
404 aa  468  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  63.07 
 
 
406 aa  460  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  58.05 
 
 
428 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  54.68 
 
 
402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  54.73 
 
 
429 aa  438  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  56.28 
 
 
390 aa  438  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  56.3 
 
 
397 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  54.9 
 
 
420 aa  431  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  57.14 
 
 
404 aa  429  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  55.79 
 
 
339 aa  386  1e-106  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  50.56 
 
 
356 aa  342  9e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  46.19 
 
 
366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  48.81 
 
 
363 aa  323  4e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  48.81 
 
 
362 aa  323  4e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  47.07 
 
 
376 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  46.67 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  48.29 
 
 
383 aa  318  9e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  46.4 
 
 
382 aa  318  9e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  46.4 
 
 
382 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.43 
 
 
373 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.43 
 
 
373 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  48.45 
 
 
362 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  45.48 
 
 
375 aa  318  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.43 
 
 
373 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  46.26 
 
 
382 aa  316  4e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  46.13 
 
 
381 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  46.13 
 
 
381 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  46.13 
 
 
381 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  47.14 
 
 
383 aa  315  7e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  49.13 
 
 
382 aa  315  9.999999999999999e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.43 
 
 
373 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47 
 
 
373 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  45.93 
 
 
403 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  45.72 
 
 
381 aa  315  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  46.67 
 
 
382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  46.15 
 
 
377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  45.87 
 
 
381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  45.45 
 
 
369 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  45.07 
 
 
379 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  46.86 
 
 
383 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.86 
 
 
373 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  44.8 
 
 
378 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.38 
 
 
373 aa  310  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.34 
 
 
373 aa  310  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.11 
 
 
373 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  47.14 
 
 
384 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  48.66 
 
 
372 aa  309  6.999999999999999e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.6 
 
 
373 aa  308  9e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.86 
 
 
373 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.86 
 
 
373 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  45.03 
 
 
413 aa  306  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  46.69 
 
 
360 aa  307  3e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  45.29 
 
 
409 aa  306  5.0000000000000004e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.6 
 
 
373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.6 
 
 
373 aa  306  6e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.6 
 
 
373 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  44.92 
 
 
371 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  47.14 
 
 
384 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.55 
 
 
373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  44.26 
 
 
370 aa  301  1e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  45.6 
 
 
370 aa  301  1e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.73 
 
 
372 aa  301  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  44.26 
 
 
370 aa  301  1e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  45.56 
 
 
383 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.5 
 
 
360 aa  301  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  44.35 
 
 
372 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  46.39 
 
 
382 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  43.92 
 
 
393 aa  300  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>