More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0035 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  86.41 
 
 		 427 aa  719    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  88.46 
 
 		 403 aa  729    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  87.97 
 
 		 399 aa  735    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  100 
 
 		 399 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  88.22 
 
 		 398 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  85.14 
 
 		 397 aa  721    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  86.72 
 
 		 399 aa  733    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  70.42 
 
 		 411 aa  575  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  70.42 
 
 		 411 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  69.63 
 
 		 411 aa  570  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  68.22 
 
 		 414 aa  568  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  67.94 
 
 		 408 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  67.08 
 
 		 408 aa  566  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  68.67 
 
 		 409 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  67.79 
 
 		 413 aa  559  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  67.72 
 
 		 410 aa  555  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  67.78 
 
 		 425 aa  548  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  67.53 
 
 		 425 aa  541  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  67.27 
 
 		 425 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  67.81 
 
 		 399 aa  538  9.999999999999999e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  67.53 
 
 		 430 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  65.15 
 
 		 391 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  64.57 
 
 		 431 aa  530  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  65.47 
 
 		 399 aa  527  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  64.32 
 
 		 431 aa  527  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  65.62 
 
 		 414 aa  526  1e-148  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  63.52 
 
 		 404 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  62.67 
 
 		 402 aa  478  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  61.46 
 
 		 410 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  61.13 
 
 		 396 aa  474  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  62.22 
 
 		 391 aa  472  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  61.02 
 
 		 428 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  59.64 
 
 		 429 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  63.16 
 
 		 406 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  61.11 
 
 		 392 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  61.11 
 
 		 392 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  61.11 
 
 		 392 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  56.23 
 
 		 404 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  57.18 
 
 		 420 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  58.22 
 
 		 390 aa  450  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  59.39 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  56.64 
 
 		 339 aa  391  1e-108  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  52.51 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  48.79 
 
 		 362 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  50.67 
 
 		 376 aa  348  8e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  49.09 
 
 		 377 aa  345  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  47.67 
 
 		 375 aa  342  5e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  47.48 
 
 		 382 aa  341  1e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  49.85 
 
 		 383 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  47.21 
 
 		 382 aa  340  2.9999999999999998e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  49.18 
 
 		 369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  48.23 
 
 		 382 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  49.26 
 
 		 383 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  47.96 
 
 		 382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  48.36 
 
 		 382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  48.97 
 
 		 383 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  47.97 
 
 		 371 aa  335  7e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  47.71 
 
 		 366 aa  335  1e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  47.53 
 
 		 381 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  47.53 
 
 		 381 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  47.53 
 
 		 381 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  47.53 
 
 		 381 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  48.15 
 
 		 384 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  47.53 
 
 		 382 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  45.95 
 
 		 379 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  50.55 
 
 		 363 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  50.55 
 
 		 362 aa  329  4e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  47.54 
 
 		 381 aa  330  4e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  48.55 
 
 		 384 aa  329  6e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  46.03 
 
 		 378 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  48.73 
 
 		 359 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  46.85 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 373 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 373 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 398 aa  326  4.0000000000000003e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  47.67 
 
 		 370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  47.67 
 
 		 370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.49 
 
 		 373 aa  326  5e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 373 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.27 
 
 		 373 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  45.93 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.74 
 
 		 360 aa  323  4e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 373 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.17 
 
 		 346 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 373 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  46.34 
 
 		 401 aa  321  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 373 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.2 
 
 		 372 aa  320  3e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  45.88 
 
 		 393 aa  320  3.9999999999999996e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  45.88 
 
 		 393 aa  320  3.9999999999999996e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  48.13 
 
 		 372 aa  319  5e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.85 
 
 		 373 aa  319  5e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  46.15 
 
 		 378 aa  319  7e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.12 
 
 		 373 aa  318  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  45.68 
 
 		 382 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.07 
 
 		 380 aa  318  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  46.22 
 
 		 365 aa  317  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.58 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.58 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.58 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>