More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2505 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  83.64 
 
 
392 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  84.42 
 
 
392 aa  696    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  83.64 
 
 
392 aa  690    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  78.29 
 
 
410 aa  634    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  77.12 
 
 
397 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  80.57 
 
 
406 aa  651    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  100 
 
 
391 aa  806    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  65.21 
 
 
399 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  63.4 
 
 
408 aa  494  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  60.05 
 
 
411 aa  488  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  62.23 
 
 
413 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  59.54 
 
 
411 aa  482  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  59.54 
 
 
411 aa  480  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  63.89 
 
 
399 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  63.61 
 
 
399 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  61.44 
 
 
408 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  63.33 
 
 
403 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  60.32 
 
 
409 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  59.85 
 
 
425 aa  472  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  62.22 
 
 
399 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  61.94 
 
 
398 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  59.07 
 
 
425 aa  471  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  59.6 
 
 
425 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  60.1 
 
 
430 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  61.67 
 
 
427 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  60.53 
 
 
410 aa  465  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  60.11 
 
 
391 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  58.04 
 
 
396 aa  466  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  59.02 
 
 
402 aa  464  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  58.53 
 
 
399 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  56.54 
 
 
429 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  60.61 
 
 
397 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  59.29 
 
 
414 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  58.81 
 
 
414 aa  457  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  60.39 
 
 
404 aa  456  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  59.01 
 
 
431 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  58.49 
 
 
431 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  62.43 
 
 
390 aa  449  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  59.67 
 
 
404 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  55.58 
 
 
420 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  56.04 
 
 
428 aa  431  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  53.39 
 
 
339 aa  380  1e-104  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  49.58 
 
 
356 aa  353  2.9999999999999997e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  52.15 
 
 
376 aa  349  6e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  47.18 
 
 
382 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  48 
 
 
379 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  47.15 
 
 
381 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  47.15 
 
 
381 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  47.04 
 
 
381 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  47.06 
 
 
378 aa  341  2e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  47.15 
 
 
381 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  50 
 
 
377 aa  338  7e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.11 
 
 
398 aa  337  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.11 
 
 
398 aa  337  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  47.15 
 
 
362 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  46.88 
 
 
381 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.14 
 
 
373 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.71 
 
 
373 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  46.24 
 
 
382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.11 
 
 
398 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  46.24 
 
 
382 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.43 
 
 
373 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  48.48 
 
 
382 aa  335  7e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.57 
 
 
373 aa  335  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.74 
 
 
372 aa  335  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  48.48 
 
 
382 aa  334  2e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  46.61 
 
 
382 aa  334  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48 
 
 
373 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.29 
 
 
373 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.29 
 
 
373 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  47.14 
 
 
369 aa  333  4e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.86 
 
 
373 aa  332  5e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.86 
 
 
373 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.71 
 
 
373 aa  332  8e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48 
 
 
373 aa  331  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  49.33 
 
 
366 aa  330  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.86 
 
 
373 aa  331  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.57 
 
 
373 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.57 
 
 
373 aa  331  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.57 
 
 
373 aa  329  4e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.71 
 
 
419 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  47.13 
 
 
364 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  46.61 
 
 
403 aa  329  5.0000000000000004e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.71 
 
 
400 aa  329  6e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.71 
 
 
373 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  46.52 
 
 
375 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.35 
 
 
398 aa  327  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  46.93 
 
 
402 aa  326  5e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  43.67 
 
 
413 aa  326  5e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  47.73 
 
 
384 aa  325  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  48.93 
 
 
383 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.07 
 
 
388 aa  325  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.07 
 
 
384 aa  323  4e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  48.01 
 
 
384 aa  323  5e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>