More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3014 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  77.41 
 
 		 392 aa  649    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  77.16 
 
 		 392 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  77.41 
 
 		 392 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  80 
 
 		 410 aa  637    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  100 
 
 		 397 aa  824    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  80.76 
 
 		 406 aa  654    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  77.43 
 
 		 391 aa  634  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  57.22 
 
 		 402 aa  464  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  56.56 
 
 		 429 aa  456  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  56.07 
 
 		 420 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  59.51 
 
 		 399 aa  445  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  55.64 
 
 		 430 aa  443  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  60.27 
 
 		 398 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  59.14 
 
 		 403 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  58.78 
 
 		 413 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  55.37 
 
 		 425 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  55.23 
 
 		 425 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  59.63 
 
 		 408 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  59.45 
 
 		 399 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  59.45 
 
 		 399 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  56.85 
 
 		 408 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  58.66 
 
 		 409 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  56.3 
 
 		 411 aa  435  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  57.8 
 
 		 427 aa  437  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  54.99 
 
 		 425 aa  438  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  55.78 
 
 		 411 aa  435  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  59.39 
 
 		 399 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  56.3 
 
 		 411 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  58.63 
 
 		 390 aa  429  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  53.66 
 
 		 431 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  53.94 
 
 		 399 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  54.89 
 
 		 431 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  56.99 
 
 		 397 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  57.49 
 
 		 410 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  55.64 
 
 		 404 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  55.26 
 
 		 414 aa  417  9.999999999999999e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  55.53 
 
 		 428 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  54.23 
 
 		 396 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  54.89 
 
 		 414 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  53.3 
 
 		 391 aa  414  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  55.34 
 
 		 404 aa  414  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  52.82 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.46 
 
 		 373 aa  352  8e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  47.91 
 
 		 356 aa  351  2e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.19 
 
 		 373 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.19 
 
 		 373 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.19 
 
 		 373 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  49.05 
 
 		 382 aa  349  6e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  47.52 
 
 		 381 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  48.24 
 
 		 381 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.79 
 
 		 373 aa  347  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  48.24 
 
 		 381 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  48.24 
 
 		 381 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.6 
 
 		 373 aa  346  5e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.03 
 
 		 373 aa  345  6e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.07 
 
 		 398 aa  345  7e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.66 
 
 		 373 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.79 
 
 		 373 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.77 
 
 		 398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  49.18 
 
 		 376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.77 
 
 		 398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.25 
 
 		 373 aa  343  4e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.39 
 
 		 373 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.39 
 
 		 373 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.92 
 
 		 373 aa  341  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.39 
 
 		 419 aa  341  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.13 
 
 		 400 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.71 
 
 		 373 aa  339  5e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.44 
 
 		 373 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.61 
 
 		 372 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.73 
 
 		 384 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.83 
 
 		 393 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 398 aa  335  9e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  49.06 
 
 		 371 aa  335  9e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  46.88 
 
 		 382 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.73 
 
 		 384 aa  334  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  47.23 
 
 		 402 aa  333  2e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  46.94 
 
 		 364 aa  333  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  49 
 
 		 384 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.17 
 
 		 373 aa  333  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  47.15 
 
 		 382 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.81 
 
 		 388 aa  333  4e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  45.97 
 
 		 392 aa  333  4e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.72 
 
 		 398 aa  332  7.000000000000001e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  46.63 
 
 		 369 aa  332  8e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  47.86 
 
 		 403 aa  332  9e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  45.55 
 
 		 379 aa  331  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  47.01 
 
 		 382 aa  330  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  48.15 
 
 		 384 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.12 
 
 		 388 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  48.55 
 
 		 362 aa  330  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.74 
 
 		 392 aa  330  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  47.55 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>