More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4488 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  78.82 
 
 
425 aa  677    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
431 aa  881    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  77.67 
 
 
430 aa  679    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  78.82 
 
 
425 aa  677    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  95.82 
 
 
431 aa  853    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  77.8 
 
 
425 aa  675    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  74.04 
 
 
391 aa  600  1e-170  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  70.07 
 
 
399 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  66.83 
 
 
399 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  67.41 
 
 
403 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  67.86 
 
 
399 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  69.84 
 
 
414 aa  547  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  63.46 
 
 
408 aa  543  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  63.64 
 
 
427 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  66.33 
 
 
398 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  66.25 
 
 
397 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  60.19 
 
 
410 aa  533  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  63.38 
 
 
413 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  64.32 
 
 
399 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  64.04 
 
 
411 aa  522  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  63.4 
 
 
409 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  64.58 
 
 
408 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  63.78 
 
 
411 aa  519  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  63.52 
 
 
411 aa  521  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  60.73 
 
 
414 aa  493  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  63.38 
 
 
399 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  57.93 
 
 
404 aa  472  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  56.93 
 
 
396 aa  457  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  58.1 
 
 
410 aa  453  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  58.68 
 
 
391 aa  451  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  58.67 
 
 
428 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  55.87 
 
 
392 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  55.87 
 
 
392 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  55.87 
 
 
392 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  55.58 
 
 
404 aa  436  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  56.96 
 
 
406 aa  437  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  55.8 
 
 
390 aa  436  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  56.32 
 
 
402 aa  434  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  53.66 
 
 
397 aa  430  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  53.69 
 
 
429 aa  424  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  53.33 
 
 
420 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  54 
 
 
339 aa  382  1e-105  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  50.27 
 
 
376 aa  339  7e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  47.84 
 
 
382 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  47.28 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  47.28 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  47.28 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  47.57 
 
 
382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  47.28 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  49.18 
 
 
363 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  49.18 
 
 
362 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  49.73 
 
 
366 aa  336  5e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  47.55 
 
 
378 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  45.52 
 
 
382 aa  333  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  47.42 
 
 
371 aa  332  1e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  46.51 
 
 
356 aa  330  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  46.99 
 
 
379 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  47.28 
 
 
382 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  45.02 
 
 
381 aa  328  9e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  45.67 
 
 
369 aa  327  2.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  46.23 
 
 
360 aa  327  3e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  46.11 
 
 
362 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  47.15 
 
 
375 aa  323  3e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  48.56 
 
 
382 aa  323  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  47.79 
 
 
383 aa  323  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  45.48 
 
 
382 aa  321  9.999999999999999e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  48.16 
 
 
383 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  45.48 
 
 
382 aa  321  1.9999999999999998e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  47.88 
 
 
383 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  47.51 
 
 
383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  48.16 
 
 
383 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  47.27 
 
 
384 aa  318  9e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  46.35 
 
 
364 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  48.06 
 
 
382 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.07 
 
 
373 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  47.7 
 
 
402 aa  317  3e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  47.53 
 
 
378 aa  316  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.14 
 
 
373 aa  316  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.27 
 
 
373 aa  316  6e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  48.84 
 
 
379 aa  315  8e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  42.38 
 
 
401 aa  315  9e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  46.3 
 
 
377 aa  315  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.32 
 
 
373 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.05 
 
 
373 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.05 
 
 
373 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  46.99 
 
 
379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  46.99 
 
 
379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  45.78 
 
 
384 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  46.24 
 
 
401 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  48.55 
 
 
379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  48.55 
 
 
379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  48.55 
 
 
379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  46.24 
 
 
406 aa  313  4.999999999999999e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.53 
 
 
373 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  48.09 
 
 
365 aa  313  4.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  47.51 
 
 
378 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  46.28 
 
 
393 aa  312  5.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.19 
 
 
398 aa  312  5.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  46.28 
 
 
393 aa  312  5.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.43 
 
 
373 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>