More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0427 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 347 aa  716    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.07 
 
 		 351 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.53 
 
 		 346 aa  522  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.3 
 
 		 360 aa  518  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.18 
 
 		 343 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.01 
 
 		 351 aa  501  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.41 
 
 		 351 aa  499  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.57 
 
 		 371 aa  401  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  50.74 
 
 		 342 aa  347  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  51.33 
 
 		 371 aa  345  6e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  49.28 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  49.56 
 
 		 372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  49.27 
 
 		 372 aa  326  3e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  49.56 
 
 		 372 aa  326  3e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  47.67 
 
 		 370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  47.67 
 
 		 370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  48.99 
 
 		 382 aa  323  2e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  47.59 
 
 		 376 aa  320  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  45.8 
 
 		 349 aa  315  9.999999999999999e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  49.13 
 
 		 363 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  49.13 
 
 		 362 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  47.04 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  47.04 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  45.48 
 
 		 372 aa  311  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  47.37 
 
 		 366 aa  310  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  46.45 
 
 		 392 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  48.83 
 
 		 377 aa  308  6.999999999999999e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  46.61 
 
 		 375 aa  308  8e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  46.72 
 
 		 374 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  46.72 
 
 		 383 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  46.61 
 
 		 390 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  45.03 
 
 		 391 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 373 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  45.11 
 
 		 369 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  45.17 
 
 		 383 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.81 
 
 		 354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  45.35 
 
 		 383 aa  305  6e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  45.64 
 
 		 356 aa  305  6e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  46.22 
 
 		 362 aa  305  7e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  45.41 
 
 		 425 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  46.22 
 
 		 425 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  47.18 
 
 		 399 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  46.45 
 
 		 399 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  44.89 
 
 		 383 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.99 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  45.86 
 
 		 398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.84 
 
 		 381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.24 
 
 		 367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  44.7 
 
 		 382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  45.95 
 
 		 425 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  44.07 
 
 		 358 aa  302  5.000000000000001e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  44.87 
 
 		 410 aa  302  7.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 364 aa  302  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  46.06 
 
 		 428 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  44.86 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  46.57 
 
 		 364 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 		 372 aa  301  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  44.86 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  46.76 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  44.86 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  44.32 
 
 		 384 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  45.4 
 
 		 427 aa  300  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  44.86 
 
 		 381 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 358 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.13 
 
 		 373 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  44.7 
 
 		 381 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  44.73 
 
 		 394 aa  300  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  46.82 
 
 		 413 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  45.74 
 
 		 378 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  45.27 
 
 		 397 aa  300  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  45.7 
 
 		 403 aa  299  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.85 
 
 		 373 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.05 
 
 		 386 aa  300  4e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  44.41 
 
 		 382 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.85 
 
 		 373 aa  298  6e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 373 aa  299  6e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  44.7 
 
 		 378 aa  298  8e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  43.94 
 
 		 382 aa  298  8e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.85 
 
 		 373 aa  298  8e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  44.67 
 
 		 379 aa  298  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  44.13 
 
 		 382 aa  297  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  44.6 
 
 		 384 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.86 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.85 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 371 aa  297  2e-79  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  45.53 
 
 		 379 aa  297  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2871  radical SAM protein  44.51 
 
 		 393 aa  296  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  45.33 
 
 		 365 aa  296  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  45.25 
 
 		 379 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  43.2 
 
 		 399 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  45.17 
 
 		 378 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>