44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0683 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  44.55 
 
 		 1201 aa  761    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  52.63 
 
 		 1214 aa  855    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  51.11 
 
 		 1253 aa  835    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  96.24 
 
 		 1118 aa  2200    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 1118 aa  2298    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  45.68 
 
 		 1186 aa  776    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  47.37 
 
 		 1164 aa  776    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  41.01 
 
 		 1173 aa  781    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  52.57 
 
 		 1128 aa  1022    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  46.52 
 
 		 1172 aa  793    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  45.13 
 
 		 1231 aa  916    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  44.84 
 
 		 1229 aa  909    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  56.51 
 
 		 1153 aa  1198    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  56.59 
 
 		 1181 aa  1171    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  54.59 
 
 		 1193 aa  1132    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  46.8 
 
 		 1101 aa  885    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  46.24 
 
 		 1165 aa  799    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  45.13 
 
 		 1144 aa  754    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  44.46 
 
 		 1167 aa  768    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  43.31 
 
 		 1202 aa  872    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  51.39 
 
 		 1177 aa  1041    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  28.34 
 
 		 485 aa  155  2.9999999999999998e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  24.96 
 
 		 492 aa  147  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  27.49 
 
 		 482 aa  145  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  27.25 
 
 		 493 aa  142  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  27.96 
 
 		 481 aa  140  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  26.04 
 
 		 505 aa  138  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  25.32 
 
 		 480 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  26.86 
 
 		 484 aa  133  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  23.02 
 
 		 493 aa  131  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  23.02 
 
 		 493 aa  131  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  25.92 
 
 		 493 aa  127  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  23.18 
 
 		 513 aa  117  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  24.47 
 
 		 481 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  24.5 
 
 		 480 aa  117  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  23.8 
 
 		 497 aa  114  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.22 
 
 		 459 aa  82  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  22.91 
 
 		 467 aa  57.4  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1778  trehalose synthase  24.93 
 
 		 558 aa  53.5  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5485  malto-oligosyltrehalose synthase  30.07 
 
 		 920 aa  47.8  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102779 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  22.65 
 
 		 574 aa  46.6  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  24.55 
 
 		 529 aa  45.8  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3144  maltooligosyl trehalose synthase  33.04 
 
 		 926 aa  45.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  25.39 
 
 		 530 aa  45.1  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>