272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Elen_1734 on replicon NC_013204
Organism: Eggerthella lenta DSM 2243



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  100 
 
 
381 aa  769  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  67.2 
 
 
399 aa  514  1e-145  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  57.33 
 
 
392 aa  439  1e-122  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  43.39 
 
 
379 aa  297  2e-79  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  41.22 
 
 
388 aa  286  3e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  39.25 
 
 
396 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  40.26 
 
 
382 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  41.19 
 
 
386 aa  255  9e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  41.07 
 
 
382 aa  252  7e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  39.47 
 
 
392 aa  252  8e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  38.68 
 
 
395 aa  251  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  39.38 
 
 
385 aa  251  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  40 
 
 
382 aa  250  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  39.28 
 
 
386 aa  246  7e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  37.08 
 
 
405 aa  244  1e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  38.68 
 
 
384 aa  245  1e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  38.95 
 
 
396 aa  244  2e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  39.43 
 
 
385 aa  243  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  37.89 
 
 
392 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  40 
 
 
392 aa  241  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  38.98 
 
 
405 aa  237  3e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  35.12 
 
 
392 aa  236  5e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  37.83 
 
 
395 aa  236  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  36.44 
 
 
384 aa  235  1e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  39.95 
 
 
395 aa  234  2e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  38.83 
 
 
388 aa  233  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  38.16 
 
 
384 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  37.83 
 
 
393 aa  233  4e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  37.6 
 
 
384 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  37.6 
 
 
384 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  37.07 
 
 
427 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  37.53 
 
 
389 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  37.83 
 
 
389 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  37.82 
 
 
401 aa  226  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  37.7 
 
 
385 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  37.7 
 
 
385 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  37.04 
 
 
394 aa  222  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  38.22 
 
 
385 aa  222  1e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  34.75 
 
 
385 aa  220  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  35.08 
 
 
385 aa  220  4e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  37.92 
 
 
392 aa  219  9e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  37.57 
 
 
383 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  34.38 
 
 
386 aa  218  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  4.81962e-05 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  34.22 
 
 
385 aa  218  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  32.33 
 
 
391 aa  216  4e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  37.76 
 
 
384 aa  215  1e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  33.87 
 
 
385 aa  211  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  36.17 
 
 
381 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  36.76 
 
 
381 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  34.42 
 
 
377 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  36.39 
 
 
374 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  30.16 
 
 
379 aa  201  2e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  39.36 
 
 
371 aa  198  2e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.15292e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  33.69 
 
 
377 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  32.35 
 
 
377 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  32.16 
 
 
377 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  32.32 
 
 
369 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.49434e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  31.51 
 
 
367 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  32.88 
 
 
368 aa  189  6e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.20269e-07  hitchhiker  3.05333e-05 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  37.04 
 
 
375 aa  189  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  32.35 
 
 
377 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  36.18 
 
 
396 aa  189  9e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  33.6 
 
 
377 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  31.51 
 
 
388 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.746e-08  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  38.41 
 
 
369 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  38.41 
 
 
369 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.59973e-05  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  38.41 
 
 
369 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.12189e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  38.41 
 
 
369 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  31.51 
 
 
384 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.67525e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  31.51 
 
 
384 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.77901e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  33.06 
 
 
377 aa  185  1e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  36.5 
 
 
367 aa  184  2e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  6.18336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  32.51 
 
 
370 aa  183  5e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  31.54 
 
 
386 aa  179  5e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  34.97 
 
 
369 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.46325e-06  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  33.88 
 
 
374 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  31.35 
 
 
377 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  31.49 
 
 
400 aa  177  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  33.61 
 
 
400 aa  174  3e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  32.45 
 
 
374 aa  173  4e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  32.44 
 
 
373 aa  173  4e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  30.71 
 
 
375 aa  173  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  32.62 
 
 
375 aa  172  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.13579e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  32.62 
 
 
375 aa  172  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.19147e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  31.22 
 
 
385 aa  172  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  7.96428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  32.35 
 
 
375 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  7.40588e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  30.53 
 
 
423 aa  172  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  33.6 
 
 
393 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  32.35 
 
 
375 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  32.35 
 
 
375 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  8.54063e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  31.38 
 
 
374 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.42967e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  31.27 
 
 
374 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  30.34 
 
 
381 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.4851e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  30.75 
 
 
371 aa  167  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  30.75 
 
 
371 aa  167  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  33.69 
 
 
375 aa  166  6e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  30.48 
 
 
375 aa  166  7e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  30.48 
 
 
375 aa  166  7e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  30.48 
 
 
375 aa  166  7e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  30.48 
 
 
375 aa  166  7e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>