More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2325 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  98.26 
 
 		 518 aa  1051    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  98.46 
 
 		 518 aa  1055    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  98.26 
 
 		 518 aa  1051    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  70.66 
 
 		 518 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  100 
 
 		 518 aa  1070    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  70.85 
 
 		 518 aa  807    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  70.66 
 
 		 518 aa  804    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  98.65 
 
 		 518 aa  1057    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  98.46 
 
 		 518 aa  1054    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  70.66 
 
 		 518 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  62.08 
 
 		 518 aa  699    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  98.46 
 
 		 518 aa  1055    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  70.85 
 
 		 518 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  98.19 
 
 		 497 aa  1011    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  98.46 
 
 		 518 aa  1055    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  45.67 
 
 		 528 aa  482  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  41.68 
 
 		 526 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  41.68 
 
 		 526 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  34.21 
 
 		 521 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  31.79 
 
 		 523 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 		 532 aa  235  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  32.53 
 
 		 538 aa  232  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 500 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 		 506 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  31.79 
 
 		 534 aa  226  7e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  28.96 
 
 		 532 aa  226  9e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  28.96 
 
 		 532 aa  226  9e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  28.96 
 
 		 532 aa  226  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.96 
 
 		 532 aa  226  9e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  31.8 
 
 		 519 aa  225  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  32.76 
 
 		 506 aa  224  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  30.21 
 
 		 535 aa  224  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.13 
 
 		 504 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.33 
 
 		 532 aa  223  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  32.76 
 
 		 506 aa  223  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  32.34 
 
 		 506 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.1 
 
 		 526 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  28.46 
 
 		 532 aa  220  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.48 
 
 		 533 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.29 
 
 		 533 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.29 
 
 		 533 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  30.23 
 
 		 515 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  31.09 
 
 		 501 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.24 
 
 		 474 aa  211  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  29.65 
 
 		 514 aa  210  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.35 
 
 		 460 aa  210  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  28.66 
 
 		 511 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  41.7 
 
 		 516 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  41.33 
 
 		 516 aa  202  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  41.33 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  41.33 
 
 		 516 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  40.96 
 
 		 516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 		 528 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  38.46 
 
 		 506 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  27.68 
 
 		 528 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 528 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  28.85 
 
 		 520 aa  187  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  29.48 
 
 		 512 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  29.04 
 
 		 588 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  29.21 
 
 		 528 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  38.61 
 
 		 532 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  36.23 
 
 		 525 aa  182  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  38.61 
 
 		 532 aa  181  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  39.29 
 
 		 521 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 		 534 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 		 534 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  39.29 
 
 		 507 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  39.29 
 
 		 486 aa  180  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  39.29 
 
 		 507 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  39.29 
 
 		 521 aa  180  5.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  39.29 
 
 		 521 aa  180  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 		 534 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  38.89 
 
 		 521 aa  179  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  27.47 
 
 		 529 aa  178  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.84 
 
 		 1494 aa  177  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.98 
 
 		 1466 aa  177  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1614  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.08 
 
 		 771 aa  176  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431388 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 		 522 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 		 546 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.33 
 
 		 1487 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  35.34 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  36.05 
 
 		 1491 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  28.7 
 
 		 490 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.44 
 
 		 1094 aa  172  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  32.96 
 
 		 1075 aa  171  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.11 
 
 		 362 aa  171  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.51 
 
 		 1490 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.51 
 
 		 1497 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.996532 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.51 
 
 		 1497 aa  170  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.45 
 
 		 1107 aa  170  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 362 aa  170  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6470  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.76 
 
 		 584 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.527259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.12 
 
 		 729 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 362 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  35.53 
 
 		 530 aa  168  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.77 
 
 		 862 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.51 
 
 		 1497 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  37.63 
 
 		 538 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.08 
 
 		 742 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  36.44 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>