More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1978 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  100 
 
 
317 aa  607  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  44.26 
 
 
314 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  43.37 
 
 
314 aa  221  9e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  37.31 
 
 
393 aa  171  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  39.21 
 
 
307 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  35.9 
 
 
339 aa  157  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  32.61 
 
 
504 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  37.42 
 
 
295 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  33.44 
 
 
328 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  33.42 
 
 
449 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1276  inner-membrane translocator  33.8 
 
 
441 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.521519 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3928  inner-membrane translocator  32.63 
 
 
446 aa  135  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  35.92 
 
 
294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3967  inner-membrane translocator  36.48 
 
 
322 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2771  inner-membrane translocator  29.79 
 
 
371 aa  130  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.176563  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.39 
 
 
418 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  33.93 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1894  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids  30.6 
 
 
359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0493707  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2157  inner-membrane translocator  34.93 
 
 
443 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446394  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.29 
 
 
428 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.86 
 
 
423 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.6 
 
 
428 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1828  inner-membrane translocator  34.75 
 
 
295 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4469  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
295 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.8 
 
 
424 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.53 
 
 
423 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0922  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
431 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.636778  normal  0.733742 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2097  inner-membrane translocator  31.81 
 
 
440 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.877591  normal  0.0148892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  34.64 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1517  hypothetical protein  34.63 
 
 
434 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845937  normal  0.47549 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.34 
 
 
417 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.34 
 
 
417 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.97 
 
 
425 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.52 
 
 
421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.66 
 
 
418 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  30.31 
 
 
452 aa  116  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.79 
 
 
421 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.72 
 
 
427 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  33.11 
 
 
329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  33.54 
 
 
454 aa  115  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3014  inner-membrane translocator  32.52 
 
 
330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.85 
 
 
423 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.85 
 
 
427 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.85 
 
 
427 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  35.98 
 
 
377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0332  inner-membrane translocator  35.98 
 
 
377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  30.23 
 
 
393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  31.94 
 
 
376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.66 
 
 
424 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.03 
 
 
412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.08 
 
 
425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.65 
 
 
424 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  29.84 
 
 
389 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2927  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.61 
 
 
431 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.99 
 
 
328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  33.67 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1572  inner-membrane translocator  37.61 
 
 
431 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.207353  normal  0.412707 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 
322 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  34.98 
 
 
293 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1230  inner-membrane translocator  32.8 
 
 
322 aa  112  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000382884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.35 
 
 
418 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.35 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.35 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.82 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.13 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1040  inner-membrane translocator  37.2 
 
 
436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  30.46 
 
 
463 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.82 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.8 
 
 
423 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.8 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0658  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.82 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.8 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.35 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.78 
 
 
423 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.13 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  32.36 
 
 
320 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  32.77 
 
 
326 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.8 
 
 
423 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  33.22 
 
 
318 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.89 
 
 
425 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1578  inner-membrane translocator  33.92 
 
 
344 aa  110  3e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0304091  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.48 
 
 
423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.65 
 
 
427 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3018  inner-membrane translocator  30.75 
 
 
390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.199444  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.48 
 
 
423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  30.84 
 
 
389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  30.75 
 
 
426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.48 
 
 
389 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.48 
 
 
389 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.48 
 
 
389 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.48 
 
 
389 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>