More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0730 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0730  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  551  1e-156  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000385534  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2976  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 275 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00165868  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 275 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 273 aa  89.4  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 275 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3086  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000257264  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3030  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 275 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  26.84 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.13 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.35 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.13 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.13 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.75 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1419  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00505932  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.58 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  32.23 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  67  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  39.62 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.93 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.93 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1822  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.66 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 538 aa  65.5  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 530 aa  63.9  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 1201 aa  63.5  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  33.33 
 
 		 1343 aa  63.5  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 544 aa  63.9  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 542 aa  63.5  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 506 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  26.86 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  37 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  31.03 
 
 		 529 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  35.77 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  35.77 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 513 aa  62.4  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  31.03 
 
 		 529 aa  62.4  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 285 aa  62.4  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.96 
 
 		 242 aa  62  0.000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 532 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 517 aa  61.6  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  28.07 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  28.7 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  45 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  35.51 
 
 		 367 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 367 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.4 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.4 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.4 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.4 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1440  helix-turn-helix, AraC type  31.73 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  30.89 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.4 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  28.4 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.4 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>