210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0020 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0020  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 291 aa  591  1e-168  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0021  transcriptional regulator, XRE family  49.65 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4524  hypothetical protein  36.12 
 
 		 221 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0424  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 282 aa  102  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6363  hypothetical protein  29.72 
 
 		 283 aa  102  8e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0272477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2091  hypothetical protein  28.51 
 
 		 253 aa  95.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1597  XRE family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00863612 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1294  helix-turn-helix domain protein  30.22 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2376  helix-turn-helix domain protein  29.43 
 
 		 282 aa  86.7  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.683565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4643  helix-turn-helix domain protein  30.58 
 
 		 273 aa  82.4  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0292  XRE family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  27.82 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  26.84 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.19 
 
 		 267 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  29.72 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  28.57 
 
 		 299 aa  67  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  25.45 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  29.95 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  25.52 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  21.51 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  24.54 
 
 		 284 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  27.75 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  25.42 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4236  helix-turn-helix domain-containing protein  32.66 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.359637 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0926  helix-turn-helix domain-containing protein  30.29 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  26.07 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  25.74 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  24.18 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0418  transcriptional regulator, XRE family  22.18 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  23.16 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  22.97 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  27.1 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  27 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  25.21 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  26.47 
 
 		 291 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  24.34 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  26.48 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1651  transcriptional regulator, XRE family  27.76 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.115849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  27.24 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.18 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  25.49 
 
 		 287 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  26.83 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  26.12 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  27.54 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  22.66 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  27.64 
 
 		 303 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 198 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.93 
 
 		 279 aa  55.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  25.48 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  23.05 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3859  hypothetical protein  43.1 
 
 		 233 aa  54.3  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  25.44 
 
 		 287 aa  53.9  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  22.33 
 
 		 284 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 328 aa  53.5  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  26.8 
 
 		 285 aa  53.1  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  25.61 
 
 		 300 aa  52.8  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 292 aa  52.8  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  22.89 
 
 		 410 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  30.61 
 
 		 281 aa  52.4  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1898  hypothetical protein  30.32 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.414161  normal  0.243648 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 271 aa  50.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2127  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0935212  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  25.76 
 
 		 326 aa  51.6  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  29.06 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0264  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.48 
 
 		 146 aa  50.4  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.269806  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  22.55 
 
 		 293 aa  50.8  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 220 aa  50.8  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  24.45 
 
 		 295 aa  50.4  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  26.45 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  26.96 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 296 aa  50.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5407  hypothetical protein  25.23 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1837  helix-turn-helix domain protein  25.21 
 
 		 290 aa  50.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.483943  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0084  transcriptional regulator, XRE family  25.48 
 
 		 290 aa  50.4  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  41.82 
 
 		 232 aa  49.7  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  24.75 
 
 		 296 aa  49.7  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3648  transcriptional regulator, XRE family  30.63 
 
 		 283 aa  49.3  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.783622  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  26.47 
 
 		 267 aa  48.9  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 190 aa  48.5  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7002  transcriptional regulator, XRE family  25.87 
 
 		 288 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  37.88 
 
 		 126 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 273 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  25.5 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  37.88 
 
 		 142 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  26.34 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  24.7 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  21.85 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>