136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A2662 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
78 aa  159  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  75.64 
 
 
79 aa  125  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  64.47 
 
 
77 aa  96.7  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  63.64 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  66.1 
 
 
80 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  67.24 
 
 
80 aa  84.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  60.94 
 
 
73 aa  83.2  1e-15  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  53.33 
 
 
70 aa  63.5  1e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1859  phage transcriptional regulator, AlpA  37.84 
 
 
143 aa  61.6  3e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44263  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  45.76 
 
 
75 aa  61.6  4e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 
66 aa  59.7  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  47.37 
 
 
68 aa  60.1  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  1.68687e-05 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  47.76 
 
 
71 aa  59.3  2e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  43.08 
 
 
71 aa  58.2  4e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  55.1 
 
 
61 aa  57.4  7e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  49.15 
 
 
98 aa  57  9e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  46.03 
 
 
72 aa  57  9e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  50.94 
 
 
66 aa  56.2  1e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  53.06 
 
 
71 aa  56.2  1e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  42.65 
 
 
71 aa  56.6  1e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  42.65 
 
 
71 aa  56.6  1e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  39.68 
 
 
88 aa  55.8  2e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3818  hypothetical protein  50.91 
 
 
95 aa  56.2  2e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.328579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 
66 aa  55.8  2e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 
70 aa  56.2  2e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  55.1 
 
 
66 aa  54.7  4e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 
72 aa  54.7  4e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 
72 aa  54.7  4e-07  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  47.06 
 
 
70 aa  54.3  5e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  44.64 
 
 
71 aa  54.3  5e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 
68 aa  54.3  5e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  4.94305e-06 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  41.1 
 
 
71 aa  54.3  6e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 
88 aa  53.9  7e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  45.76 
 
 
70 aa  53.9  7e-07  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  47.06 
 
 
72 aa  53.9  7e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 
70 aa  53.9  8e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  47.06 
 
 
72 aa  53.5  8e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
75 aa  53.1  1e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  43.14 
 
 
80 aa  52.8  1e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  42.42 
 
 
68 aa  53.5  1e-06  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
65 aa  52.4  2e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.80996e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 
60 aa  52.4  2e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  44.07 
 
 
88 aa  52.4  2e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  1.57452e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 
86 aa  52.8  2e-06  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  41.18 
 
 
103 aa  51.2  4e-06  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
67 aa  51.2  5e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
76 aa  51.2  5e-06  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 
88 aa  51.2  5e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  44.9 
 
 
88 aa  51.2  5e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  37.1 
 
 
73 aa  50.8  6e-06  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
62 aa  50.8  6e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 
88 aa  50.4  8e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 
71 aa  50.1  9e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
65 aa  50.1  1e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 
88 aa  49.7  1e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
86 aa  49.7  1e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
71 aa  49.7  1e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
71 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 
71 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003245  predicted transcriptional regulator  41.51 
 
 
96 aa  49.7  1e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  46.43 
 
 
71 aa  49.7  1e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63179e-06 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  54.35 
 
 
83 aa  49.3  2e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  38.78 
 
 
68 aa  48.9  2e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  48.98 
 
 
64 aa  48.9  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  43.14 
 
 
86 aa  49.3  2e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  47.83 
 
 
64 aa  48.9  3e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 
80 aa  48.5  3e-05  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
56 aa  48.1  4e-05  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1765  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
70 aa  47.8  5e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.993884  normal  0.447996 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
75 aa  47.4  6e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 
90 aa  47  9e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3167  phage transcriptional regulator, AlpA  39.68 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.786341  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 
76 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  47.83 
 
 
64 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2371  phage transcriptional regulator, AlpA  41.3 
 
 
87 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3331  hypothetical protein  46.15 
 
 
71 aa  46.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.323427  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  8.34169e-05 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1689  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211878  hitchhiker  0.00954058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 
69 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1759  phage transcriptional regulator, AlpA  41.3 
 
 
109 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
75 aa  45.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  39.22 
 
 
91 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 
86 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01121  hypothetical protein  38.89 
 
 
81 aa  45.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  42.5 
 
 
61 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  32.43 
 
 
76 aa  44.7  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  43.18 
 
 
74 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  40.82 
 
 
91 aa  44.7  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  43.18 
 
 
74 aa  45.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  37.31 
 
 
78 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
70 aa  44.3  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  33.87 
 
 
86 aa  44.3  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1361  putative transcriptional regulator  50 
 
 
85 aa  44.3  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.900175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 
62 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 
74 aa  44.3  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2857  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.280975 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>