More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0546 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  80.66 
 
 		 424 aa  694    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  80.19 
 
 		 424 aa  680    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 424 aa  863    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  80.19 
 
 		 424 aa  679    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.09 
 
 		 422 aa  677    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  80.9 
 
 		 424 aa  694    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  80.19 
 
 		 424 aa  682    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  80.09 
 
 		 422 aa  676    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.09 
 
 		 422 aa  676    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.09 
 
 		 422 aa  677    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  89.86 
 
 		 436 aa  751    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  80.61 
 
 		 424 aa  691    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  89.39 
 
 		 436 aa  751    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  81.84 
 
 		 424 aa  700    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  81.84 
 
 		 424 aa  700    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  80.66 
 
 		 424 aa  694    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  81.84 
 
 		 424 aa  700    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  46.19 
 
 		 428 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  46.19 
 
 		 428 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  46.19 
 
 		 428 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  45.48 
 
 		 428 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  45.71 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  45.71 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  47.72 
 
 		 423 aa  365  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  47.72 
 
 		 422 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  47.85 
 
 		 425 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  47.59 
 
 		 424 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  45.71 
 
 		 429 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  45 
 
 		 464 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  45 
 
 		 515 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  45 
 
 		 464 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  37.99 
 
 		 428 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  34.57 
 
 		 427 aa  260  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  33.83 
 
 		 428 aa  259  5.0000000000000005e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 		 419 aa  248  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  34.7 
 
 		 429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  32.75 
 
 		 441 aa  234  3e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  35.64 
 
 		 427 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  35.8 
 
 		 403 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  35.4 
 
 		 403 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.65 
 
 		 780 aa  226  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.42 
 
 		 790 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  35.1 
 
 		 426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.1 
 
 		 411 aa  216  7e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  34.08 
 
 		 427 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 777 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 		 446 aa  210  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  35.26 
 
 		 426 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  35.26 
 
 		 426 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 		 424 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 		 447 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 		 423 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.73 
 
 		 426 aa  206  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.48 
 
 		 426 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  34.43 
 
 		 440 aa  202  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  33.68 
 
 		 421 aa  194  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 		 414 aa  192  8e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  40.6 
 
 		 474 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  40.6 
 
 		 482 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  40.6 
 
 		 474 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  26.34 
 
 		 413 aa  159  9e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0109  hypothetical protein  46.67 
 
 		 171 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00195405  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2261  hypothetical protein  46.67 
 
 		 171 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2024  hypothetical protein  46.67 
 
 		 171 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3070  hypothetical protein  46.67 
 
 		 171 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  28.87 
 
 		 431 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  26.62 
 
 		 396 aa  117  5e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  26.34 
 
 		 416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  28.74 
 
 		 197 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  31.5 
 
 		 288 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  27.41 
 
 		 387 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  29.69 
 
 		 266 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  27.5 
 
 		 387 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  26.15 
 
 		 362 aa  94  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.87 
 
 		 581 aa  93.6  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  26.15 
 
 		 360 aa  92.8  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  27.97 
 
 		 603 aa  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.68 
 
 		 599 aa  90.9  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  29.27 
 
 		 272 aa  90.9  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.17 
 
 		 584 aa  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  29.2 
 
 		 272 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.61 
 
 		 572 aa  86.7  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  26.34 
 
 		 262 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 		 605 aa  85.9  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.2 
 
 		 590 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  30.4 
 
 		 601 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.67 
 
 		 582 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.46 
 
 		 643 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.09 
 
 		 442 aa  83.6  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 		 584 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  26.87 
 
 		 584 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.92 
 
 		 616 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  28.44 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 		 592 aa  81.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.07 
 
 		 580 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.8 
 
 		 868 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 		 583 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 584 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 		 585 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 		 585 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>