More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0770 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 414 aa  851    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  35.82 
 
 		 429 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 		 441 aa  212  7.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  35.96 
 
 		 411 aa  208  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  32.43 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 		 419 aa  206  8e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 		 427 aa  205  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 428 aa  205  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 424 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  31.72 
 
 		 421 aa  196  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  31.01 
 
 		 424 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  31.01 
 
 		 424 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  31.96 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  31.96 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  31.96 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  30.93 
 
 		 424 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  31.19 
 
 		 428 aa  189  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 428 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 428 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 428 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 		 436 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  30.05 
 
 		 424 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  30.05 
 
 		 424 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  30.05 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  31.33 
 
 		 423 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.81 
 
 		 422 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  29.81 
 
 		 424 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.81 
 
 		 422 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 		 428 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  30.5 
 
 		 428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 		 436 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  31.18 
 
 		 424 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  32.47 
 
 		 424 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 		 425 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  32.06 
 
 		 422 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.56 
 
 		 464 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  30.81 
 
 		 429 aa  179  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.32 
 
 		 464 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  30 
 
 		 515 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  29.48 
 
 		 426 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  29.23 
 
 		 427 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  29.74 
 
 		 403 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  29.87 
 
 		 446 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  29.74 
 
 		 427 aa  163  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  29.35 
 
 		 440 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  29.23 
 
 		 403 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 		 426 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 		 426 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 		 447 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  29.35 
 
 		 426 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.18 
 
 		 780 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  28.64 
 
 		 426 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.48 
 
 		 777 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 424 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 		 790 aa  156  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  27.68 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  25.49 
 
 		 413 aa  142  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  34.04 
 
 		 482 aa  137  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  34.04 
 
 		 474 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  34.04 
 
 		 474 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  28.29 
 
 		 431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  26 
 
 		 416 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  27.05 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 387 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  27.37 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 		 554 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.58 
 
 		 610 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.58 
 
 		 587 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  30.63 
 
 		 253 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1017  GGDEF family protein  28.11 
 
 		 1051 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  31.03 
 
 		 262 aa  100  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  33.48 
 
 		 257 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  29.18 
 
 		 272 aa  99.4  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.8 
 
 		 616 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  32.29 
 
 		 253 aa  99  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 263 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  30.36 
 
 		 291 aa  99  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  33.48 
 
 		 249 aa  97.8  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.34 
 
 		 799 aa  97.8  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.06 
 
 		 592 aa  98.2  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 		 197 aa  97.4  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  30.49 
 
 		 590 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 		 596 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 		 594 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.67 
 
 		 592 aa  96.7  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 		 594 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.88 
 
 		 592 aa  96.7  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  32.29 
 
 		 255 aa  96.3  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.77 
 
 		 351 aa  96.7  8e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 		 246 aa  96.3  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 		 246 aa  96.3  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  30.08 
 
 		 590 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 		 671 aa  96.3  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.837679  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.44 
 
 		 601 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.57 
 
 		 594 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  31.88 
 
 		 288 aa  94.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2781  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 		 498 aa  94.4  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 		 676 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 437 aa  94  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>