More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2214 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 428 aa  870    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  43.77 
 
 		 428 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 		 428 aa  299  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 		 428 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  44.31 
 
 		 429 aa  299  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 		 428 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  43.76 
 
 		 464 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 		 428 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 		 428 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  43.29 
 
 		 464 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  43.29 
 
 		 515 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  44.17 
 
 		 423 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  43.49 
 
 		 425 aa  293  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  43.1 
 
 		 422 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  40.96 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  38.46 
 
 		 419 aa  268  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  38.98 
 
 		 424 aa  265  8e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  37.99 
 
 		 436 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  38.75 
 
 		 424 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  38.2 
 
 		 424 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  38.2 
 
 		 424 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  38.44 
 
 		 424 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  39.01 
 
 		 422 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  39.01 
 
 		 422 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  37.5 
 
 		 441 aa  262  8e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  38.52 
 
 		 424 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  37.75 
 
 		 436 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  38.77 
 
 		 422 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  37.75 
 
 		 424 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  38.77 
 
 		 422 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  37.96 
 
 		 424 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  37.96 
 
 		 424 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  37.96 
 
 		 424 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  37.99 
 
 		 424 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  41.02 
 
 		 429 aa  256  6e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  35.7 
 
 		 427 aa  255  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  36.59 
 
 		 403 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  36.41 
 
 		 427 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  36.59 
 
 		 403 aa  232  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  30.66 
 
 		 428 aa  230  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  38.22 
 
 		 426 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  35.34 
 
 		 427 aa  224  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.7 
 
 		 411 aa  224  3e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  36.5 
 
 		 424 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  37.5 
 
 		 426 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  37.5 
 
 		 426 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  35.52 
 
 		 446 aa  219  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 		 423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  34.92 
 
 		 440 aa  215  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  37.02 
 
 		 447 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  37.14 
 
 		 426 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  37.14 
 
 		 426 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.01 
 
 		 780 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.44 
 
 		 790 aa  209  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.92 
 
 		 777 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 414 aa  205  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 421 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  42.54 
 
 		 482 aa  183  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  42.54 
 
 		 474 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  42.54 
 
 		 474 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  25.75 
 
 		 413 aa  147  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  27.92 
 
 		 396 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  29.35 
 
 		 416 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 		 431 aa  123  7e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  32.27 
 
 		 262 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 197 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 272 aa  113  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0109  hypothetical protein  43.62 
 
 		 171 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00195405  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2024  hypothetical protein  43.62 
 
 		 171 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2261  hypothetical protein  43.62 
 
 		 171 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3070  hypothetical protein  43.62 
 
 		 171 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  34.35 
 
 		 272 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.9 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  28.8 
 
 		 387 aa  106  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  28.01 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.11 
 
 		 601 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 		 766 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 		 786 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 592 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.11 
 
 		 582 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 		 357 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  27.11 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.6 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.98 
 
 		 819 aa  101  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  35.32 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 		 753 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.27 
 
 		 883 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.74 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  27.11 
 
 		 360 aa  100  7e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1119  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 		 868 aa  99.8  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.135201  normal  0.145859 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.06 
 
 		 868 aa  98.6  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 		 773 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 		 727 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0619898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 		 584 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 		 599 aa  97.8  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 		 371 aa  98.2  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 		 605 aa  97.4  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  32.35 
 
 		 288 aa  97.8  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 		 306 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  30 
 
 		 266 aa  97.4  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>