87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5912 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
275 aa  533  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.54 
 
 
269 aa  249  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.44 
 
 
274 aa  205  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  49.22 
 
 
276 aa  200  2e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  45.49 
 
 
269 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  45.96 
 
 
268 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  39.34 
 
 
273 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  41.24 
 
 
277 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  42.15 
 
 
270 aa  181  8e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  39.7 
 
 
278 aa  172  7e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  41.79 
 
 
271 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.35 
 
 
271 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  40.08 
 
 
271 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.47 
 
 
280 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  39.93 
 
 
271 aa  159  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  40.51 
 
 
271 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  41.35 
 
 
271 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  40.8 
 
 
275 aa  158  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  40.59 
 
 
287 aa  145  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  36.47 
 
 
285 aa  141  1e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  41.35 
 
 
271 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.4 
 
 
266 aa  133  4e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  35.54 
 
 
278 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  38.65 
 
 
286 aa  123  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  33.05 
 
 
263 aa  102  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
277 aa  99.4  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  33.48 
 
 
292 aa  91.3  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  34.31 
 
 
288 aa  89  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  31.93 
 
 
279 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  33.75 
 
 
283 aa  85.9  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  29.3 
 
 
299 aa  85.1  1e-15  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 
270 aa  79.3  7e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  34.17 
 
 
279 aa  75.5  9e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35 
 
 
631 aa  73.6  3e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  32.64 
 
 
626 aa  72.8  6e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35 
 
 
627 aa  71.6  1e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.38 
 
 
631 aa  71.2  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  35.37 
 
 
634 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.8 
 
 
615 aa  71.2  2e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.62 
 
 
637 aa  69.7  4e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  35.67 
 
 
629 aa  69.3  6e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.54 
 
 
624 aa  68.9  9e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  33.78 
 
 
283 aa  68.6  1e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.94 
 
 
630 aa  66.6  4e-10  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  33.79 
 
 
634 aa  66.6  5e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.17 
 
 
632 aa  65.1  1e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.33 
 
 
615 aa  65.5  1e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.5 
 
 
633 aa  64.7  2e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.8 
 
 
628 aa  63.5  4e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.8 
 
 
628 aa  63.5  4e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
617 aa  63.5  4e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  29.58 
 
 
305 aa  62.4  8e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.12 
 
 
623 aa  62.4  8e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.72 
 
 
291 aa  60.5  3e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  31.54 
 
 
635 aa  59.3  7e-08  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.66 
 
 
633 aa  57.4  2e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.75 
 
 
638 aa  57.8  2e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.37 
 
 
630 aa  57  3e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.89 
 
 
645 aa  57  3e-07  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.14 
 
 
604 aa  55.8  7e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.12 
 
 
632 aa  55.5  8e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30.54 
 
 
687 aa  55.1  1e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.81 
 
 
621 aa  53.9  2e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 
287 aa  53.9  3e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  26.15 
 
 
284 aa  53.9  3e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  34.51 
 
 
477 aa  53.5  4e-06  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.23 
 
 
635 aa  53.1  5e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.23 
 
 
635 aa  53.1  5e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.97 
 
 
635 aa  52.8  7e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.97 
 
 
635 aa  52.8  7e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.05 
 
 
635 aa  51.2  2e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.63 
 
 
632 aa  50.4  3e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  32.2 
 
 
280 aa  50.8  3e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.05 
 
 
635 aa  49.7  5e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.41 
 
 
280 aa  49.3  6e-05  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  27.01 
 
 
298 aa  48.9  9e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.95 
 
 
629 aa  47  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.7 
 
 
627 aa  46.6  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  28.16 
 
 
295 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  28.16 
 
 
295 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  28.16 
 
 
295 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.96 
 
 
627 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.75 
 
 
624 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.53 
 
 
313 aa  45.4  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.59 
 
 
596 aa  44.3  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.78 
 
 
313 aa  42.7  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  30.47 
 
 
270 aa  42.4  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>