More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4877 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  92.75 
 
 
386 aa  759  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  86.98 
 
 
384 aa  716  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  1.65617e-06 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  86.81 
 
 
381 aa  706  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  93.26 
 
 
371 aa  733  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  99.48 
 
 
386 aa  803  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  92.45 
 
 
371 aa  729  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  95.34 
 
 
386 aa  781  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  94.96 
 
 
386 aa  761  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  96.63 
 
 
386 aa  786  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  92.75 
 
 
386 aa  759  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  92.75 
 
 
386 aa  759  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  92.75 
 
 
386 aa  759  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  92.75 
 
 
386 aa  759  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  92.75 
 
 
386 aa  759  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  96.37 
 
 
386 aa  785  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  96.37 
 
 
386 aa  785  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  87.05 
 
 
384 aa  716  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
386 aa  808  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  80.31 
 
 
388 aa  667  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  80 
 
 
386 aa  660  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  70.67 
 
 
382 aa  587  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  70.51 
 
 
383 aa  580  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  68.56 
 
 
382 aa  561  1e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  67.56 
 
 
384 aa  541  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  65.12 
 
 
387 aa  543  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  65.63 
 
 
387 aa  544  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  65.46 
 
 
387 aa  544  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  66.75 
 
 
384 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  65.12 
 
 
387 aa  543  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  66.3 
 
 
392 aa  539  1e-152  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  63.8 
 
 
382 aa  538  1e-152  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  65.4 
 
 
387 aa  531  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  61.04 
 
 
383 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  62.43 
 
 
389 aa  521  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  62.43 
 
 
389 aa  519  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.14 
 
 
386 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  62.16 
 
 
386 aa  516  1e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  59.74 
 
 
388 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  64.66 
 
 
372 aa  492  1e-138  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.02 
 
 
367 aa  484  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  62.02 
 
 
367 aa  484  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  59.09 
 
 
377 aa  474  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  62.39 
 
 
369 aa  468  1e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  60.87 
 
 
371 aa  452  1e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.69 
 
 
338 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.69 
 
 
338 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.08 
 
 
337 aa  416  1e-115  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  52.4 
 
 
336 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  57.23 
 
 
340 aa  399  1e-110  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.35 
 
 
402 aa  401  1e-110  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  58.82 
 
 
339 aa  401  1e-110  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  57.1 
 
 
338 aa  394  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  53.73 
 
 
334 aa  391  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  53.87 
 
 
366 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  57.28 
 
 
336 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.15 
 
 
334 aa  376  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  51.35 
 
 
332 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  48.35 
 
 
334 aa  358  9e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  48.35 
 
 
332 aa  357  2e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  48.66 
 
 
335 aa  348  9e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.65 
 
 
334 aa  345  5e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  44.03 
 
 
332 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  41.32 
 
 
331 aa  298  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  45.6 
 
 
336 aa  297  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  44.34 
 
 
332 aa  294  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  42.59 
 
 
332 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  44.03 
 
 
332 aa  292  6e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.82 
 
 
333 aa  291  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  43.08 
 
 
332 aa  288  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.26988e-06 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  43.08 
 
 
332 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 
157 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 
338 aa  79.7  8e-14  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  26.6 
 
 
344 aa  78.2  2e-13  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  23.84 
 
 
387 aa  76.6  6e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  23.23 
 
 
387 aa  73.6  5e-12  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  25.73 
 
 
379 aa  69.7  9e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  23.76 
 
 
387 aa  68.6  2e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 
418 aa  67.8  3e-10  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 
393 aa  65.9  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  23 
 
 
410 aa  65.5  1e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1760  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.49 
 
 
323 aa  65.9  1e-09  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  23.87 
 
 
402 aa  65.1  2e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.61 
 
 
399 aa  65.5  2e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2045  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.49 
 
 
323 aa  65.5  2e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.990495  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 
565 aa  64.3  3e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.27 
 
 
394 aa  64.7  3e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  24.22 
 
 
387 aa  64.3  4e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  29.49 
 
 
319 aa  63.9  5e-09  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  25.45 
 
 
487 aa  63.5  6e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  23.78 
 
 
338 aa  63.2  7e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  22.84 
 
 
404 aa  63.2  7e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  27.39 
 
 
399 aa  62.8  9e-09  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  28.85 
 
 
395 aa  62.8  9e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3061  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  21.39 
 
 
326 aa  62.8  1e-08  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 
393 aa  61.6  2e-08  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0177  hypothetical protein  28.72 
 
 
471 aa  61.6  2e-08  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  26.82 
 
 
1005 aa  62  2e-08  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 
399 aa  61.2  3e-08  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 
501 aa  61.2  3e-08  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  23.23 
 
 
347 aa  60.8  3e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>