More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6129 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  64.8 
 
 		 305 aa  345  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  59.08 
 
 		 327 aa  337  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 304 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  59.87 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4426  transcriptional regulator, LysR family  59.54 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 306 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 304 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 322 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 307 aa  241  7e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45.1 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 312 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 313 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 312 aa  235  9e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.86 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  37.83 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  45.61 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  44.55 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.4 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  51.59 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.57 
 
 		 305 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 301 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 301 aa  228  9e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 312 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.01 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.46 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 320 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 320 aa  225  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 313 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 293 aa  222  6e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 305 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 291 aa  220  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  41.14 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  41.18 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 289 aa  216  4e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  40.69 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>