More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_4080 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 293 aa  586  1e-166  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  86.01 
 
 		 293 aa  471  1e-132  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  59.59 
 
 		 292 aa  302  5.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  57.3 
 
 		 284 aa  285  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  58.99 
 
 		 291 aa  277  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  57.14 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  55.97 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  55.97 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  55.97 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  58.3 
 
 		 289 aa  265  8e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  56.34 
 
 		 284 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 284 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  57.49 
 
 		 284 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  57.84 
 
 		 284 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  56.54 
 
 		 315 aa  262  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  57.09 
 
 		 284 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  52.46 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  54.39 
 
 		 284 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  58.11 
 
 		 284 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  56.43 
 
 		 296 aa  258  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  52.13 
 
 		 284 aa  254  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  52.5 
 
 		 282 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  51.43 
 
 		 289 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  53.57 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  53.05 
 
 		 284 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  51.45 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  51.72 
 
 		 289 aa  244  9.999999999999999e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  52.35 
 
 		 282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  51.99 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  51.99 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  51.45 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  48.26 
 
 		 286 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  47.5 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 289 aa  221  8e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 276 aa  209  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  41.94 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.17 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.98 
 
 		 280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.72 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 271 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 284 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.15 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.93 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 298 aa  122  7e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 286 aa  122  8e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  28.88 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.1 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.6 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.94 
 
 		 273 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.41 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  30.25 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 280 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>