More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5902 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 368 aa  748    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  82.43 
 
 		 370 aa  613  9.999999999999999e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  75.68 
 
 		 371 aa  563  1.0000000000000001e-159  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  77.32 
 
 		 372 aa  557  1e-157  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  75.2 
 
 		 368 aa  552  1e-156  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.6 
 
 		 365 aa  534  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  72.85 
 
 		 388 aa  525  1e-148  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.05 
 
 		 365 aa  525  1e-148  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.18 
 
 		 365 aa  518  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.15 
 
 		 364 aa  503  1e-141  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.24 
 
 		 374 aa  503  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.24 
 
 		 374 aa  503  1e-141  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.24 
 
 		 374 aa  503  1e-141  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  69.53 
 
 		 374 aa  499  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  70.08 
 
 		 365 aa  493  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  70.92 
 
 		 395 aa  488  1e-137  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  68.7 
 
 		 388 aa  487  1e-136  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.31 
 
 		 395 aa  483  1e-135  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.76 
 
 		 376 aa  482  1e-135  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.65 
 
 		 380 aa  478  1e-134  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.9 
 
 		 353 aa  472  1e-132  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  66.3 
 
 		 388 aa  471  1e-132  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.91 
 
 		 376 aa  474  1e-132  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  64.99 
 
 		 364 aa  473  1e-132  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.3 
 
 		 383 aa  466  9.999999999999999e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  65.45 
 
 		 375 aa  462  1e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.53 
 
 		 391 aa  454  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.62 
 
 		 465 aa  434  1e-120  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.58 
 
 		 426 aa  430  1e-119  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.7 
 
 		 430 aa  426  1e-118  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  59.61 
 
 		 389 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.17 
 
 		 421 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.98 
 
 		 429 aa  402  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.1 
 
 		 389 aa  399  9.999999999999999e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.8 
 
 		 385 aa  389  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.29 
 
 		 361 aa  310  2e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.47 
 
 		 363 aa  298  7e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.75 
 
 		 399 aa  293  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.93 
 
 		 399 aa  286  2.9999999999999996e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  47.62 
 
 		 354 aa  285  5.999999999999999e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  43.98 
 
 		 371 aa  281  1e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  49.52 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.9 
 
 		 342 aa  253  6e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.46 
 
 		 347 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.18 
 
 		 347 aa  250  3e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  46.46 
 
 		 408 aa  250  3e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.68 
 
 		 365 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  37.93 
 
 		 348 aa  249  7e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.4 
 
 		 364 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  39.11 
 
 		 351 aa  248  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.08 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  42.05 
 
 		 348 aa  247  3e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.43 
 
 		 344 aa  246  6e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.12 
 
 		 342 aa  245  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  44.08 
 
 		 372 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  43.26 
 
 		 377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  44.08 
 
 		 372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  43.8 
 
 		 372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  38.89 
 
 		 356 aa  241  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  41.29 
 
 		 381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  40.45 
 
 		 381 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  44.03 
 
 		 377 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  40.73 
 
 		 378 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  40.45 
 
 		 381 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  40.45 
 
 		 381 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  39.32 
 
 		 344 aa  239  8e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  41.81 
 
 		 364 aa  239  8e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.92 
 
 		 349 aa  238  1e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  40.45 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  39.89 
 
 		 382 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  42.69 
 
 		 359 aa  237  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  39.89 
 
 		 382 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 398 aa  236  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  37.1 
 
 		 341 aa  237  3e-61  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 398 aa  236  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.82 
 
 		 362 aa  236  3e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 398 aa  236  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.85 
 
 		 373 aa  236  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  39.61 
 
 		 382 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  40.73 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.28 
 
 		 373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.28 
 
 		 373 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.1 
 
 		 349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.44 
 
 		 373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.14 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.72 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.28 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.9 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.51 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.56 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  40.22 
 
 		 378 aa  233  3e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.72 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.25 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  42.2 
 
 		 370 aa  233  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.72 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.25 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.25 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0444  hypothetical protein  40.95 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.25 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>