More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_09960 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 370 aa  748    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  82.43 
 
 		 368 aa  613  9.999999999999999e-175  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  75.34 
 
 		 371 aa  559  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.22 
 
 		 372 aa  552  1e-156  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  75.07 
 
 		 368 aa  552  1e-156  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.86 
 
 		 365 aa  550  1e-155  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.05 
 
 		 365 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  73.77 
 
 		 388 aa  526  1e-148  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.86 
 
 		 374 aa  519  1e-146  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.86 
 
 		 374 aa  519  1e-146  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.86 
 
 		 374 aa  519  1e-146  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.2 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.01 
 
 		 365 aa  511  1e-144  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  71.86 
 
 		 365 aa  503  1e-141  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  68.58 
 
 		 388 aa  479  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.35 
 
 		 353 aa  480  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  66.94 
 
 		 374 aa  480  1e-134  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  66.02 
 
 		 364 aa  478  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.94 
 
 		 380 aa  474  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  66.3 
 
 		 388 aa  470  1.0000000000000001e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.95 
 
 		 376 aa  465  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.94 
 
 		 383 aa  462  1e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.06 
 
 		 376 aa  462  1e-129  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.6 
 
 		 465 aa  459  9.999999999999999e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  67.66 
 
 		 395 aa  457  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  65.28 
 
 		 375 aa  456  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.86 
 
 		 391 aa  454  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.21 
 
 		 395 aa  454  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  58.56 
 
 		 426 aa  445  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.78 
 
 		 430 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  59.34 
 
 		 389 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.22 
 
 		 429 aa  417  9.999999999999999e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.09 
 
 		 421 aa  412  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.61 
 
 		 385 aa  405  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.59 
 
 		 389 aa  402  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.88 
 
 		 363 aa  324  1e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.31 
 
 		 361 aa  311  1e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.67 
 
 		 399 aa  293  4e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.74 
 
 		 399 aa  282  6.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  46.93 
 
 		 354 aa  279  5e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  43.3 
 
 		 371 aa  275  8e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.78 
 
 		 342 aa  256  6e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  47.48 
 
 		 353 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.87 
 
 		 365 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  39.12 
 
 		 351 aa  250  3e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  39.77 
 
 		 356 aa  250  3e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  44.38 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  44.38 
 
 		 372 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  44.11 
 
 		 372 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  37.43 
 
 		 341 aa  249  7e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  40.28 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  35.98 
 
 		 348 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.11 
 
 		 349 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.2 
 
 		 343 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.72 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  44.85 
 
 		 408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  38.55 
 
 		 344 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.08 
 
 		 347 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.64 
 
 		 343 aa  243  5e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.07 
 
 		 344 aa  243  5e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  42.98 
 
 		 359 aa  242  6e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.8 
 
 		 347 aa  242  9e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  39.27 
 
 		 342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.29 
 
 		 349 aa  239  6.999999999999999e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.52 
 
 		 340 aa  238  2e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  41.01 
 
 		 377 aa  236  4e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  39.72 
 
 		 348 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  44.06 
 
 		 377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  37.25 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1388  radical SAM enzyme, Cfr family  39.89 
 
 		 462 aa  233  3e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.83 
 
 		 341 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.57 
 
 		 348 aa  233  5e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  40 
 
 		 381 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  40.81 
 
 		 378 aa  232  1e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  39.94 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  41.99 
 
 		 390 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  39.17 
 
 		 381 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  42.27 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  38.89 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  40.78 
 
 		 360 aa  230  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  39.17 
 
 		 381 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  39.17 
 
 		 381 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  37.47 
 
 		 409 aa  229  6e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  37.2 
 
 		 413 aa  229  7e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  40.58 
 
 		 402 aa  229  7e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  42.03 
 
 		 382 aa  229  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  42.9 
 
 		 363 aa  228  9e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  42.9 
 
 		 362 aa  228  9e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  39.17 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  38.89 
 
 		 379 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  43.61 
 
 		 318 aa  228  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.28 
 
 		 364 aa  228  2e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  40.77 
 
 		 376 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  41.01 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.88 
 
 		 362 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.34 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.34 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  39.67 
 
 		 381 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.34 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  40.72 
 
 		 366 aa  226  4e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>