More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1000 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
388 aa  777    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  82.19 
 
 
374 aa  627  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  78.82 
 
 
388 aa  597  1e-169  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.99 
 
 
395 aa  590  1e-167  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.5 
 
 
365 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  76.18 
 
 
365 aa  556  1e-157  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.66 
 
 
376 aa  540  9.999999999999999e-153  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.12 
 
 
391 aa  521  1e-147  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.85 
 
 
376 aa  508  1e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  69.83 
 
 
364 aa  506  9.999999999999999e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.98 
 
 
368 aa  502  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69 
 
 
383 aa  500  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  68.04 
 
 
371 aa  499  1e-140  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.85 
 
 
353 aa  499  1e-140  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  67.65 
 
 
375 aa  495  1e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.46 
 
 
380 aa  494  1e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  71.43 
 
 
388 aa  497  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  68.13 
 
 
368 aa  493  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.85 
 
 
370 aa  492  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.08 
 
 
430 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  71.35 
 
 
395 aa  484  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.11 
 
 
421 aa  482  1e-135  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.63 
 
 
465 aa  477  1e-133  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.21 
 
 
365 aa  471  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.39 
 
 
365 aa  473  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.05 
 
 
426 aa  470  1.0000000000000001e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.9 
 
 
429 aa  464  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.12 
 
 
372 aa  461  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.37 
 
 
364 aa  457  1e-127  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.04 
 
 
374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.04 
 
 
374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.04 
 
 
374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  63.41 
 
 
389 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.83 
 
 
385 aa  442  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.33 
 
 
389 aa  432  1e-120  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.84 
 
 
361 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.73 
 
 
363 aa  305  1.0000000000000001e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  49.57 
 
 
354 aa  294  2e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.83 
 
 
399 aa  288  1e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  44.69 
 
 
371 aa  286  4e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.95 
 
 
399 aa  286  5e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  51.63 
 
 
353 aa  276  4e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  47.77 
 
 
408 aa  272  6e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  41.16 
 
 
348 aa  267  2e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  43.06 
 
 
344 aa  265  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  42.77 
 
 
350 aa  264  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.62 
 
 
364 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.37 
 
 
347 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.89 
 
 
365 aa  257  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  41.59 
 
 
356 aa  257  3e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.08 
 
 
347 aa  257  3e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1388  radical SAM enzyme, Cfr family  46.06 
 
 
462 aa  255  8e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 
362 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  45.54 
 
 
360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.3 
 
 
349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 
362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 
343 aa  251  1e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.03 
 
 
362 aa  251  2e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  42.77 
 
 
357 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.28 
 
 
348 aa  251  2e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.61 
 
 
342 aa  251  2e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.75 
 
 
362 aa  249  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.88 
 
 
344 aa  249  8e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  43.27 
 
 
342 aa  249  8e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  43.18 
 
 
360 aa  248  9e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.69 
 
 
341 aa  247  2e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  43.48 
 
 
364 aa  247  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 
343 aa  248  2e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  43.71 
 
 
348 aa  247  2e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  43.27 
 
 
382 aa  247  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.42 
 
 
342 aa  246  4e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  40.83 
 
 
362 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  38.17 
 
 
413 aa  246  6.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
373 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.23 
 
 
373 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 
373 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.89 
 
 
373 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.89 
 
 
373 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.7 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  45.18 
 
 
377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.89 
 
 
373 aa  244  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.3 
 
 
373 aa  243  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.09 
 
 
355 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  41.4 
 
 
349 aa  243  5e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  43.7 
 
 
359 aa  242  6e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  37.44 
 
 
409 aa  242  7.999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.07 
 
 
349 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0834  radical SAM protein  41.73 
 
 
428 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0281827 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  45.43 
 
 
318 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>