More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1166 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
385 aa  761    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.87 
 
 
421 aa  534  1e-150  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  68.65 
 
 
388 aa  486  1e-136  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.67 
 
 
376 aa  479  1e-134  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  69.83 
 
 
388 aa  475  1e-133  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  65.67 
 
 
374 aa  476  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.6 
 
 
365 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.8 
 
 
395 aa  457  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  65.5 
 
 
371 aa  454  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  65.08 
 
 
365 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  66.03 
 
 
388 aa  449  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.12 
 
 
372 aa  442  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  67.3 
 
 
395 aa  439  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.56 
 
 
370 aa  438  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  64.15 
 
 
368 aa  440  9.999999999999999e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  63.54 
 
 
375 aa  436  1e-121  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.27 
 
 
383 aa  432  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.8 
 
 
368 aa  433  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.07 
 
 
353 aa  433  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.93 
 
 
365 aa  431  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.26 
 
 
365 aa  426  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  62.71 
 
 
364 aa  428  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.79 
 
 
380 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.33 
 
 
376 aa  428  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.51 
 
 
465 aa  427  1e-118  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.07 
 
 
364 aa  422  1e-117  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.08 
 
 
430 aa  421  1e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.05 
 
 
391 aa  417  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  58.33 
 
 
429 aa  416  9.999999999999999e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.37 
 
 
374 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.37 
 
 
374 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.37 
 
 
374 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.85 
 
 
426 aa  403  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.42 
 
 
389 aa  381  1e-104  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  57.22 
 
 
389 aa  377  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.44 
 
 
361 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.02 
 
 
363 aa  301  9e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.96 
 
 
399 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.86 
 
 
399 aa  292  6e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  48.14 
 
 
354 aa  282  6.000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  44.01 
 
 
371 aa  270  2e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  43.3 
 
 
349 aa  265  7e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  47.16 
 
 
353 aa  265  1e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  47.9 
 
 
408 aa  262  8e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  48.16 
 
 
372 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  47.88 
 
 
372 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  47.5 
 
 
372 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  44.97 
 
 
360 aa  256  5e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  40 
 
 
348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.03 
 
 
349 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  48.3 
 
 
377 aa  252  6e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  42.38 
 
 
348 aa  249  4e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1388  radical SAM enzyme, Cfr family  42.9 
 
 
462 aa  249  5e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  41.86 
 
 
350 aa  249  6e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  38 
 
 
341 aa  248  1e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0834  radical SAM protein  44.15 
 
 
428 aa  248  2e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0281827 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  39.56 
 
 
351 aa  247  2e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.73 
 
 
343 aa  248  2e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  42.23 
 
 
376 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2871  radical SAM protein  45.33 
 
 
393 aa  246  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  42.51 
 
 
379 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  42.51 
 
 
379 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  42.51 
 
 
379 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  43.05 
 
 
377 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  42.63 
 
 
383 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  39.6 
 
 
356 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  42.7 
 
 
366 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  42.51 
 
 
379 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  42.26 
 
 
344 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.22 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  42.02 
 
 
342 aa  244  9.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  41.08 
 
 
378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  42.51 
 
 
379 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.61 
 
 
365 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  42.51 
 
 
379 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  40.98 
 
 
370 aa  243  3.9999999999999997e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  40.98 
 
 
370 aa  243  3.9999999999999997e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  43.14 
 
 
359 aa  243  5e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  47.4 
 
 
318 aa  243  5e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  41.41 
 
 
369 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  43.05 
 
 
378 aa  243  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.61 
 
 
343 aa  242  7.999999999999999e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  42.09 
 
 
383 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.66 
 
 
344 aa  241  1e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  42.23 
 
 
378 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  42.97 
 
 
383 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.44 
 
 
364 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  40 
 
 
382 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.29 
 
 
342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  39.77 
 
 
357 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  38.92 
 
 
379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  42.32 
 
 
373 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  43.21 
 
 
374 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>