More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2956 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 342 aa  709    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  79.04 
 
 		 344 aa  558  1e-158  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.19 
 
 		 344 aa  398  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.75 
 
 		 349 aa  280  3e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  40.59 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.52 
 
 		 373 aa  269  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.9 
 
 		 343 aa  270  4e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.79 
 
 		 372 aa  269  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 373 aa  269  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.43 
 
 		 373 aa  268  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.73 
 
 		 373 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.18 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.16 
 
 		 356 aa  267  2e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  42.86 
 
 		 348 aa  267  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.59 
 
 		 356 aa  267  2.9999999999999995e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.18 
 
 		 373 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.87 
 
 		 373 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.82 
 
 		 373 aa  266  4e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.55 
 
 		 356 aa  266  4e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.87 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.87 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.55 
 
 		 356 aa  265  8e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  42.11 
 
 		 350 aa  265  8e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.57 
 
 		 371 aa  265  8.999999999999999e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 		 373 aa  265  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  43.94 
 
 		 359 aa  264  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.98 
 
 		 367 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  42.68 
 
 		 364 aa  263  2e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 		 373 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 		 373 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.21 
 
 		 373 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 373 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.54 
 
 		 349 aa  261  8.999999999999999e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.43 
 
 		 354 aa  261  8.999999999999999e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  43.2 
 
 		 356 aa  261  1e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  42.81 
 
 		 350 aa  260  2e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  43.08 
 
 		 410 aa  260  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 		 381 aa  259  3e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  41.67 
 
 		 406 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.62 
 
 		 349 aa  260  3e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  38.82 
 
 		 349 aa  259  4e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  40.41 
 
 		 358 aa  259  4e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 		 384 aa  259  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  40.71 
 
 		 344 aa  259  4e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.37 
 
 		 380 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.89 
 
 		 355 aa  259  6e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  43.27 
 
 		 399 aa  259  6e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.1 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.46 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.36 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  40.06 
 
 		 341 aa  258  1e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  42.43 
 
 		 382 aa  258  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  41.02 
 
 		 382 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.25 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.49 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.1 
 
 		 340 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 371 aa  256  3e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  42.38 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3745  radical SAM enzyme, Cfr family  43.96 
 
 		 329 aa  256  4e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.132033  decreased coverage  0.00432991 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.62 
 
 		 365 aa  256  5e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  40.48 
 
 		 371 aa  255  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.13 
 
 		 341 aa  255  7e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.42 
 
 		 358 aa  255  7e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.34 
 
 		 384 aa  255  8e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.16 
 
 		 392 aa  255  9e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.9 
 
 		 346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.61 
 
 		 393 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  42.49 
 
 		 345 aa  255  1.0000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  42.45 
 
 		 408 aa  254  1.0000000000000001e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  38.44 
 
 		 369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.93 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.93 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.93 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.93 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.93 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  40.69 
 
 		 401 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.53 
 
 		 400 aa  252  5.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.74 
 
 		 362 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.53 
 
 		 419 aa  252  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  42.86 
 
 		 360 aa  252  6e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  252  7e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  41.09 
 
 		 371 aa  252  8.000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  43.34 
 
 		 428 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>