More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0483 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 350 aa  734    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  73.76 
 
 		 349 aa  555  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  75.66 
 
 		 346 aa  553  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  55.91 
 
 		 350 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  55.49 
 
 		 349 aa  401  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  53.49 
 
 		 365 aa  389  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  54.68 
 
 		 348 aa  390  1e-107  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  53.51 
 
 		 347 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  43.67 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  43.4 
 
 		 372 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  43.11 
 
 		 372 aa  285  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  43.4 
 
 		 372 aa  285  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.99 
 
 		 349 aa  280  3e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.92 
 
 		 364 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.15 
 
 		 346 aa  271  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 		 372 aa  270  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  40.4 
 
 		 369 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  39.61 
 
 		 376 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 		 364 aa  266  5e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.28 
 
 		 343 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  42.23 
 
 		 366 aa  265  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.91 
 
 		 373 aa  265  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  39.24 
 
 		 378 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.48 
 
 		 365 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  38.3 
 
 		 372 aa  264  2e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  42.77 
 
 		 428 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.12 
 
 		 342 aa  263  3e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 		 373 aa  263  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 		 373 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 		 373 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.42 
 
 		 368 aa  262  6e-69  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 		 373 aa  262  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.23 
 
 		 380 aa  262  8e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.06 
 
 		 373 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 		 373 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.32 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 		 351 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  41.18 
 
 		 377 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  42.81 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  41.18 
 
 		 359 aa  259  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.06 
 
 		 373 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.43 
 
 		 373 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.24 
 
 		 373 aa  259  6e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.03 
 
 		 373 aa  259  7e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  40.41 
 
 		 344 aa  258  7e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.03 
 
 		 373 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  40.19 
 
 		 344 aa  258  8e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.8 
 
 		 393 aa  258  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.81 
 
 		 358 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 		 389 aa  257  2e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  37.64 
 
 		 413 aa  256  3e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  41.84 
 
 		 360 aa  256  4e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  40.06 
 
 		 359 aa  256  6e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.53 
 
 		 360 aa  255  8e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  37.36 
 
 		 409 aa  255  8e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  38.95 
 
 		 372 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.83 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  40 
 
 		 371 aa  253  3e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3115  radical SAM enzyme, Cfr family  39 
 
 		 353 aa  253  3e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.248396  hitchhiker  0.0000000842526 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  39.89 
 
 		 370 aa  253  3e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  38.07 
 
 		 367 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  40.97 
 
 		 375 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 		 398 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 		 398 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.66 
 
 		 367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.51 
 
 		 360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  40.91 
 
 		 371 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 		 398 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  39.88 
 
 		 382 aa  252  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  40.73 
 
 		 404 aa  252  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.44 
 
 		 392 aa  252  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 347 aa  252  6e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 		 398 aa  252  7e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 		 347 aa  252  7e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  39.31 
 
 		 354 aa  252  8.000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 386 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.94 
 
 		 344 aa  251  1e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.46 
 
 		 373 aa  251  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.08 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1414  radical SAM enzyme, Cfr family  40.46 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  38.44 
 
 		 382 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  38.44 
 
 		 382 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  38.76 
 
 		 403 aa  250  2e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  38.73 
 
 		 379 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.08 
 
 		 384 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.36 
 
 		 381 aa  250  3e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  39.47 
 
 		 348 aa  250  3e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.55 
 
 		 400 aa  250  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.2 
 
 		 388 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1508  radical SAM enzyme, Cfr family  41.71 
 
 		 359 aa  249  4e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.868502  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.72 
 
 		 355 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.2 
 
 		 388 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>