More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3855 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
348 aa  725    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  66.47 
 
 
350 aa  485  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  64.66 
 
 
349 aa  471  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  63.13 
 
 
365 aa  460  9.999999999999999e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  60.47 
 
 
347 aa  442  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  58.19 
 
 
346 aa  411  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  54.52 
 
 
349 aa  392  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  54.68 
 
 
350 aa  390  1e-107  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  45.51 
 
 
364 aa  333  2e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  40.29 
 
 
378 aa  291  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
346 aa  285  7e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  41.24 
 
 
366 aa  278  9e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44 
 
 
364 aa  278  9e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.42 
 
 
343 aa  277  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.59 
 
 
365 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.18 
 
 
360 aa  275  7e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.61 
 
 
373 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
393 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.32 
 
 
373 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 
398 aa  274  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.61 
 
 
373 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.18 
 
 
364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  42.82 
 
 
356 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.32 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 
347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.03 
 
 
373 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
373 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
373 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
388 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
388 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
388 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.41 
 
 
398 aa  272  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.41 
 
 
398 aa  272  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
388 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.19 
 
 
388 aa  272  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.41 
 
 
398 aa  272  7e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
373 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.49 
 
 
388 aa  272  8.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.9 
 
 
392 aa  271  9e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
373 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
373 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.06 
 
 
384 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 
367 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.03 
 
 
373 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.09 
 
 
373 aa  271  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1539  radical SAM protein  41.91 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.177286  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.24 
 
 
419 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.74 
 
 
373 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 
351 aa  268  7e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
373 aa  268  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.32 
 
 
400 aa  268  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.77 
 
 
384 aa  268  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.41 
 
 
362 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1508  radical SAM enzyme, Cfr family  43.06 
 
 
359 aa  267  2e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.868502  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.58 
 
 
373 aa  267  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  41.88 
 
 
408 aa  267  2e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  42.86 
 
 
342 aa  267  2e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.58 
 
 
373 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  38.46 
 
 
357 aa  266  2.9999999999999995e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  266  5e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1427  radical SAM enzyme, Cfr family  40.11 
 
 
362 aa  265  5.999999999999999e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  38.78 
 
 
372 aa  265  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.11 
 
 
380 aa  265  8e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 
351 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.7 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 
372 aa  264  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.41 
 
 
362 aa  265  1e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  39.47 
 
 
377 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  38.48 
 
 
372 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  38.19 
 
 
372 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.42 
 
 
354 aa  263  3e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 
373 aa  263  4e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.52 
 
 
371 aa  263  4.999999999999999e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.64 
 
 
362 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 
351 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  39.35 
 
 
372 aa  261  8.999999999999999e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.12 
 
 
362 aa  261  1e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.21 
 
 
386 aa  261  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.35 
 
 
349 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  39.77 
 
 
344 aa  260  2e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.89 
 
 
361 aa  261  2e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0596  radical SAM enzyme, Cfr family  42.57 
 
 
353 aa  260  3e-68  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  39.12 
 
 
342 aa  260  3e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.69 
 
 
356 aa  259  5.0000000000000005e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.98 
 
 
360 aa  259  6e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.75 
 
 
363 aa  259  7e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41 
 
 
349 aa  258  7e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.53 
 
 
342 aa  258  2e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>