More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4731 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 350 aa  733    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  76.01 
 
 		 349 aa  556  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  66.47 
 
 		 348 aa  485  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  64.72 
 
 		 365 aa  477  1e-133  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  61.11 
 
 		 347 aa  437  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  55.91 
 
 		 350 aa  419  1e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  56.3 
 
 		 346 aa  408  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  54.81 
 
 		 349 aa  407  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  47.61 
 
 		 364 aa  338  8e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.49 
 
 		 364 aa  293  4e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.52 
 
 		 364 aa  290  2e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.11 
 
 		 362 aa  288  7e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.54 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 		 362 aa  286  5e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.24 
 
 		 343 aa  285  7e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.41 
 
 		 349 aa  285  7e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.18 
 
 		 365 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.82 
 
 		 362 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 		 368 aa  282  6.000000000000001e-75  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.23 
 
 		 364 aa  282  6.000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.23 
 
 		 364 aa  282  6.000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  41.94 
 
 		 372 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  42.45 
 
 		 356 aa  279  5e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.27 
 
 		 367 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.94 
 
 		 351 aa  277  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.81 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  41.35 
 
 		 372 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  41.06 
 
 		 372 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  41.47 
 
 		 377 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 		 346 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.64 
 
 		 351 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.94 
 
 		 389 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.31 
 
 		 347 aa  273  3e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.31 
 
 		 347 aa  273  3e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  40.41 
 
 		 378 aa  273  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41 
 
 		 360 aa  272  8.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  41.62 
 
 		 366 aa  271  1e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.33 
 
 		 354 aa  270  2e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1508  radical SAM enzyme, Cfr family  42.29 
 
 		 359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.868502  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  40.65 
 
 		 359 aa  268  1e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  41.84 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0596  radical SAM enzyme, Cfr family  41.98 
 
 		 353 aa  268  1e-70  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 		 358 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.94 
 
 		 348 aa  267  2e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.21 
 
 		 393 aa  267  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.79 
 
 		 354 aa  267  2.9999999999999995e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  39.88 
 
 		 372 aa  266  4e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 		 384 aa  266  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.02 
 
 		 371 aa  266  4e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.52 
 
 		 392 aa  265  5.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  39.49 
 
 		 384 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  42.11 
 
 		 342 aa  265  8e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.06 
 
 		 386 aa  265  8e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.71 
 
 		 349 aa  265  8.999999999999999e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 381 aa  265  8.999999999999999e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.29 
 
 		 388 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.37 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.37 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.37 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.37 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  40 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.83 
 
 		 347 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.63 
 
 		 398 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  40.53 
 
 		 344 aa  264  2e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.86 
 
 		 375 aa  264  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.37 
 
 		 388 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 351 aa  264  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.14 
 
 		 386 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.73 
 
 		 372 aa  263  3e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  40.48 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 		 400 aa  263  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.33 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.48 
 
 		 398 aa  263  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.48 
 
 		 398 aa  263  4e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.6 
 
 		 359 aa  263  4e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.48 
 
 		 398 aa  263  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  40.75 
 
 		 358 aa  262  4.999999999999999e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.6 
 
 		 359 aa  262  6e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 		 419 aa  262  6e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.94 
 
 		 340 aa  262  6.999999999999999e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.51 
 
 		 373 aa  262  8e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.68 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.42 
 
 		 341 aa  261  2e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.35 
 
 		 380 aa  261  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>