More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2488 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  100 
 
 		 356 aa  736    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.68 
 
 		 347 aa  411  1e-114  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.97 
 
 		 347 aa  411  1e-114  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.03 
 
 		 349 aa  384  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.87 
 
 		 365 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.74 
 
 		 364 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  52.46 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.58 
 
 		 349 aa  372  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.03 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  371  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.32 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.88 
 
 		 362 aa  367  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.44 
 
 		 362 aa  366  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  52.11 
 
 		 350 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.15 
 
 		 362 aa  363  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  51.31 
 
 		 349 aa  364  2e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.59 
 
 		 342 aa  362  4e-99  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.26 
 
 		 341 aa  359  5e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  48.35 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50 
 
 		 364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50 
 
 		 364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.71 
 
 		 364 aa  352  8e-96  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  46.55 
 
 		 351 aa  329  5.0000000000000004e-89  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  47.95 
 
 		 318 aa  325  1e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.84 
 
 		 389 aa  320  3e-86  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.98 
 
 		 368 aa  316  5e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  43.93 
 
 		 360 aa  311  1e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  47.21 
 
 		 348 aa  301  1e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0188  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.81 
 
 		 365 aa  298  1e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  43.9 
 
 		 349 aa  294  1e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.94 
 
 		 343 aa  289  6e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  42.65 
 
 		 354 aa  285  5.999999999999999e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.73 
 
 		 343 aa  282  8.000000000000001e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  40.87 
 
 		 351 aa  280  3e-74  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  43.29 
 
 		 408 aa  279  5e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  42.45 
 
 		 350 aa  279  5e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  43.29 
 
 		 356 aa  278  1e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.86 
 
 		 355 aa  278  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.25 
 
 		 343 aa  276  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  43.12 
 
 		 367 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  42.48 
 
 		 388 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  42.82 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  40.35 
 
 		 342 aa  272  6e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  42.06 
 
 		 347 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  38.27 
 
 		 376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.59 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.77 
 
 		 347 aa  269  5e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4182  radical SAM protein  40 
 
 		 374 aa  267  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  41.67 
 
 		 365 aa  267  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.07 
 
 		 351 aa  267  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.32 
 
 		 354 aa  267  2e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  41.74 
 
 		 345 aa  267  2.9999999999999995e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.29 
 
 		 354 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 		 351 aa  266  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.82 
 
 		 351 aa  266  4e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.98 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  38.4 
 
 		 357 aa  263  3e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  41.94 
 
 		 346 aa  263  3e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.6 
 
 		 363 aa  263  3e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2012  radical SAM enzyme, Cfr family  39.77 
 
 		 357 aa  263  3e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  39.36 
 
 		 372 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.08 
 
 		 346 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.59 
 
 		 361 aa  263  4e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  39 
 
 		 371 aa  263  4e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  39.07 
 
 		 372 aa  263  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  40.59 
 
 		 372 aa  262  4.999999999999999e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  38.92 
 
 		 382 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  39.59 
 
 		 364 aa  262  6e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.41 
 
 		 348 aa  262  6.999999999999999e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  39.38 
 
 		 383 aa  262  8e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  39.38 
 
 		 374 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  41.28 
 
 		 349 aa  261  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  39 
 
 		 377 aa  261  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  39.07 
 
 		 372 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  35.83 
 
 		 402 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  38.53 
 
 		 397 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  37.03 
 
 		 369 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.96 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  39.2 
 
 		 364 aa  261  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  39.77 
 
 		 394 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.69 
 
 		 340 aa  260  3e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.7 
 
 		 373 aa  259  4e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  38.86 
 
 		 382 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  41.59 
 
 		 344 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.69 
 
 		 340 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.61 
 
 		 358 aa  259  6e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  39.76 
 
 		 359 aa  259  6e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.95 
 
 		 364 aa  258  9e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.55 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.9 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.91 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.4 
 
 		 371 aa  258  1e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3115  radical SAM enzyme, Cfr family  39.94 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.248396  hitchhiker  0.0000000842526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  39.83 
 
 		 382 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  40.96 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>