More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0784 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
364 aa  758    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  92.86 
 
 
364 aa  696    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  92.86 
 
 
364 aa  696    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.91 
 
 
365 aa  549  1e-155  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.75 
 
 
364 aa  548  1e-155  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.6 
 
 
362 aa  546  1e-154  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  539  9.999999999999999e-153  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.17 
 
 
362 aa  539  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.89 
 
 
362 aa  535  1e-151  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  55.46 
 
 
348 aa  402  1e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.4 
 
 
368 aa  394  1e-108  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.17 
 
 
389 aa  393  1e-108  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0188  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.76 
 
 
365 aa  380  1e-104  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  52.11 
 
 
350 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.59 
 
 
347 aa  361  1e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.59 
 
 
347 aa  361  1e-98  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.26 
 
 
349 aa  356  3.9999999999999996e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.8 
 
 
342 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  49.71 
 
 
356 aa  352  8.999999999999999e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  47.8 
 
 
349 aa  347  1e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  45.8 
 
 
351 aa  337  9.999999999999999e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.77 
 
 
349 aa  336  2.9999999999999997e-91  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.76 
 
 
341 aa  334  1e-90  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  49.12 
 
 
360 aa  330  3e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  47.48 
 
 
348 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  46.2 
 
 
349 aa  324  1e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4182  radical SAM protein  43.63 
 
 
374 aa  305  7e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.24 
 
 
343 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.94 
 
 
343 aa  301  1e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  42.35 
 
 
408 aa  292  6e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  41.89 
 
 
371 aa  290  2e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  40.52 
 
 
350 aa  290  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3115  radical SAM enzyme, Cfr family  44.54 
 
 
353 aa  286  5e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.248396  hitchhiker  0.0000000842526 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  43.17 
 
 
318 aa  285  5.999999999999999e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.68 
 
 
354 aa  283  2.0000000000000002e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  41.62 
 
 
357 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  41.95 
 
 
341 aa  280  3e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.15 
 
 
356 aa  280  4e-74  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  41.21 
 
 
354 aa  278  1e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  39.2 
 
 
375 aa  277  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  40.47 
 
 
377 aa  275  6e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  39.36 
 
 
365 aa  275  7e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  39.65 
 
 
382 aa  275  8e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  41.91 
 
 
344 aa  274  2.0000000000000002e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0444  hypothetical protein  40.65 
 
 
355 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 
356 aa  272  5.000000000000001e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2012  radical SAM enzyme, Cfr family  40.35 
 
 
357 aa  272  5.000000000000001e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  42.43 
 
 
372 aa  272  8.000000000000001e-72  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.92 
 
 
356 aa  272  9e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  38.4 
 
 
378 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.9 
 
 
371 aa  271  2e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.46 
 
 
363 aa  271  2e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  39.43 
 
 
376 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.16 
 
 
351 aa  271  2e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.32 
 
 
356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1905  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.03 
 
 
347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0212666  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  41.46 
 
 
382 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0596  radical SAM enzyme, Cfr family  41.62 
 
 
353 aa  270  4e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.06 
 
 
360 aa  269  7e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  36.75 
 
 
397 aa  268  8.999999999999999e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2093  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.09 
 
 
356 aa  268  1e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  38.83 
 
 
358 aa  268  1e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.26 
 
 
351 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 
354 aa  267  2e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  41.07 
 
 
359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  39.61 
 
 
357 aa  267  2.9999999999999995e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.4 
 
 
340 aa  266  4e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  38.89 
 
 
359 aa  266  4e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  38.44 
 
 
370 aa  265  8e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  37.43 
 
 
342 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  37.03 
 
 
369 aa  264  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  38.37 
 
 
392 aa  264  2e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.55 
 
 
351 aa  263  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.26 
 
 
351 aa  263  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  38.04 
 
 
383 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39 
 
 
347 aa  262  8.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.97 
 
 
359 aa  261  1e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.44 
 
 
399 aa  261  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  38.04 
 
 
374 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  37.68 
 
 
384 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.77 
 
 
367 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.12 
 
 
346 aa  261  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  38.3 
 
 
372 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  37.99 
 
 
399 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.89 
 
 
343 aa  260  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  37.35 
 
 
391 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  38.25 
 
 
364 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  39.47 
 
 
377 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 
355 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.41 
 
 
358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  37.47 
 
 
398 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  38.44 
 
 
373 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  37.9 
 
 
384 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>