More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_23560 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 364 aa  747    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  81.01 
 
 		 376 aa  617  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  82.3 
 
 		 375 aa  615  1e-175  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  78.33 
 
 		 389 aa  575  1.0000000000000001e-163  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  77.5 
 
 		 383 aa  569  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.63 
 
 		 391 aa  530  1e-149  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.4 
 
 		 465 aa  513  1e-144  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  70.39 
 
 		 374 aa  509  1e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  68.82 
 
 		 388 aa  501  1e-141  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.81 
 
 		 376 aa  501  1e-141  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  69.83 
 
 		 388 aa  495  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.41 
 
 		 429 aa  489  1e-137  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.25 
 
 		 426 aa  484  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.42 
 
 		 395 aa  486  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  65 
 
 		 371 aa  484  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  67.41 
 
 		 365 aa  481  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.7 
 
 		 365 aa  484  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  67.04 
 
 		 368 aa  482  1e-135  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.02 
 
 		 370 aa  478  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.99 
 
 		 368 aa  473  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.71 
 
 		 365 aa  454  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.43 
 
 		 365 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.27 
 
 		 372 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.5 
 
 		 389 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  66.2 
 
 		 395 aa  443  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.75 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.75 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.75 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.02 
 
 		 353 aa  437  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  63.43 
 
 		 388 aa  432  1e-120  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.81 
 
 		 380 aa  431  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.89 
 
 		 364 aa  423  1e-117  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  58.24 
 
 		 430 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.17 
 
 		 421 aa  400  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.71 
 
 		 385 aa  392  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.84 
 
 		 361 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.82 
 
 		 363 aa  272  7e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  43.8 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  44.51 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  46.22 
 
 		 353 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.97 
 
 		 399 aa  253  3e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.08 
 
 		 399 aa  253  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  43.97 
 
 		 408 aa  253  5.000000000000001e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.42 
 
 		 365 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  40.94 
 
 		 356 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.37 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.31 
 
 		 351 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  40.18 
 
 		 344 aa  243  5e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.12 
 
 		 342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.72 
 
 		 349 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  39.55 
 
 		 351 aa  239  5e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  39.14 
 
 		 349 aa  237  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.35 
 
 		 362 aa  236  6e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.35 
 
 		 362 aa  235  8e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.05 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.9 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  39.64 
 
 		 348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.9 
 
 		 343 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  41.48 
 
 		 397 aa  233  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.28 
 
 		 362 aa  233  5e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.13 
 
 		 388 aa  232  8.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.23 
 
 		 398 aa  231  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.23 
 
 		 398 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.23 
 
 		 398 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  43.02 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  39.88 
 
 		 342 aa  229  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.32 
 
 		 344 aa  229  6e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 		 349 aa  229  7e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.46 
 
 		 362 aa  229  7e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  41.6 
 
 		 372 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 392 aa  226  4e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  41.31 
 
 		 372 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.84 
 
 		 364 aa  226  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  38.44 
 
 		 350 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.22 
 
 		 348 aa  226  6e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.83 
 
 		 372 aa  226  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  40.06 
 
 		 392 aa  226  7e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1388  radical SAM enzyme, Cfr family  40.06 
 
 		 462 aa  225  9e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  41.31 
 
 		 372 aa  225  9e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 393 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0834  radical SAM protein  39.27 
 
 		 428 aa  225  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  37.97 
 
 		 350 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  41.98 
 
 		 394 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 384 aa  222  7e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  40.41 
 
 		 382 aa  222  9e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.59 
 
 		 398 aa  222  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  39.05 
 
 		 370 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>