More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1009 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 376 aa  777    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  81.01 
 
 		 364 aa  617  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  73.98 
 
 		 375 aa  571  1.0000000000000001e-162  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.76 
 
 		 383 aa  555  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  73.81 
 
 		 389 aa  557  1e-157  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.22 
 
 		 465 aa  518  1e-146  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.14 
 
 		 391 aa  514  1.0000000000000001e-145  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  65.58 
 
 		 374 aa  494  1e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  66.85 
 
 		 388 aa  496  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  66.2 
 
 		 388 aa  497  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.94 
 
 		 376 aa  496  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.33 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.1 
 
 		 395 aa  486  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.99 
 
 		 365 aa  476  1e-133  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.91 
 
 		 368 aa  474  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  63.36 
 
 		 365 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.36 
 
 		 429 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  61.92 
 
 		 368 aa  461  1e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.06 
 
 		 370 aa  462  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  61.92 
 
 		 371 aa  464  1e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.91 
 
 		 372 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.38 
 
 		 389 aa  441  1e-123  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.04 
 
 		 365 aa  442  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.76 
 
 		 365 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  63.29 
 
 		 395 aa  437  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.22 
 
 		 353 aa  428  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.78 
 
 		 380 aa  425  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.02 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  59.29 
 
 		 388 aa  423  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.02 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.02 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.21 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.81 
 
 		 364 aa  413  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.74 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.33 
 
 		 385 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.05 
 
 		 361 aa  287  2e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.51 
 
 		 363 aa  279  5e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 		 399 aa  261  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  46.95 
 
 		 353 aa  259  7e-68  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 		 399 aa  257  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  39.94 
 
 		 351 aa  257  3e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  44.22 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.6 
 
 		 351 aa  250  3e-65  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  42.78 
 
 		 408 aa  249  7e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  39.77 
 
 		 356 aa  247  2e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  41.37 
 
 		 371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.79 
 
 		 365 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.93 
 
 		 364 aa  239  8e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.99 
 
 		 344 aa  237  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.42 
 
 		 342 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  40.12 
 
 		 344 aa  236  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0834  radical SAM protein  39.69 
 
 		 428 aa  236  6e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281827 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.19 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.48 
 
 		 343 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  38.93 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.57 
 
 		 349 aa  233  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  41.72 
 
 		 397 aa  233  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  37.83 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  230  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.68 
 
 		 362 aa  231  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  38.74 
 
 		 349 aa  230  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  39.2 
 
 		 348 aa  231  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  41.29 
 
 		 378 aa  229  6e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.92 
 
 		 362 aa  228  9e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 398 aa  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  39.2 
 
 		 342 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  37.33 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.33 
 
 		 384 aa  227  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  41.76 
 
 		 394 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  42.48 
 
 		 377 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.47 
 
 		 388 aa  226  6e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.07 
 
 		 384 aa  225  9e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.81 
 
 		 362 aa  224  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 		 349 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.64 
 
 		 392 aa  225  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 388 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  40.71 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  39.43 
 
 		 401 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.69 
 
 		 364 aa  223  3e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.64 
 
 		 388 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.64 
 
 		 388 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.64 
 
 		 388 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.36 
 
 		 393 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.64 
 
 		 388 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  42.26 
 
 		 359 aa  224  3e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>