197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1445 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 
307 aa  596  1e-169  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  40.42 
 
 
318 aa  188  8e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.07 
 
 
330 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.58 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.54 
 
 
332 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.04 
 
 
315 aa  172  9e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.06 
 
 
339 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.75 
 
 
316 aa  152  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.53 
 
 
316 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.41 
 
 
316 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.65 
 
 
299 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.4 
 
 
318 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.14 
 
 
319 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.63 
 
 
316 aa  143  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.21 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.21 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.21 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.19 
 
 
317 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.21 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.64 
 
 
308 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.21 
 
 
318 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.4 
 
 
348 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.31 
 
 
342 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  30.1 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.44 
 
 
325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2149  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  38.21 
 
 
295 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0737588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.62 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.16 
 
 
333 aa  130  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  28.82 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.22 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.22 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  28.22 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  29.66 
 
 
319 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.77 
 
 
318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  39.41 
 
 
342 aa  126  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  28.57 
 
 
316 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  30.24 
 
 
319 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.97 
 
 
315 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.25 
 
 
317 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.92 
 
 
315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  29.27 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.17 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0585  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.61 
 
 
341 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.87 
 
 
333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.82 
 
 
317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  28.82 
 
 
317 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  27.53 
 
 
342 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.89 
 
 
318 aa  114  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.22 
 
 
317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.83 
 
 
317 aa  112  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.02 
 
 
348 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.22 
 
 
356 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  26.32 
 
 
344 aa  110  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.88 
 
 
318 aa  110  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.97 
 
 
306 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.32 
 
 
329 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.01 
 
 
371 aa  104  2e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  26.19 
 
 
315 aa  102  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  27.92 
 
 
310 aa  102  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.32 
 
 
319 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.71 
 
 
317 aa  98.2  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2391  TAXI family TRAP transporter solute receptor  29.64 
 
 
333 aa  98.6  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000115458  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.81 
 
 
344 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.84 
 
 
310 aa  98.6  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.09 
 
 
329 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  26.1 
 
 
351 aa  97.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  28.14 
 
 
316 aa  97.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.32 
 
 
337 aa  96.7  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.65 
 
 
651 aa  95.1  1e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.88 
 
 
332 aa  94.4  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  25.77 
 
 
324 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.99 
 
 
317 aa  94.7  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.92 
 
 
345 aa  93.6  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29 
 
 
350 aa  93.2  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.43 
 
 
312 aa  93.2  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.18 
 
 
329 aa  93.2  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.77 
 
 
338 aa  92.4  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.84 
 
 
317 aa  92  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.1 
 
 
322 aa  92  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.13 
 
 
375 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.96 
 
 
327 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.2 
 
 
333 aa  90.9  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  25.52 
 
 
328 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 
328 aa  89.4  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  24.5 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  24.5 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.75 
 
 
323 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  24.66 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.84 
 
 
330 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.64 
 
 
346 aa  86.3  6e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  25.09 
 
 
324 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 
324 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.33 
 
 
335 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.17 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  24.05 
 
 
322 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.77 
 
 
326 aa  83.2  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  24.83 
 
 
324 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27 
 
 
342 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.16 
 
 
454 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>