More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0347 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0347  preprotein translocase, SecY subunit  100 
 
 
443 aa  886  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.742267  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0517  preprotein translocase, SecY subunit  100 
 
 
443 aa  886  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.120445  unclonable  2.66535e-11 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0339  preprotein translocase subunit SecY  66.82 
 
 
440 aa  588  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000142446  unclonable  7.06243e-08 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0299  preprotein translocase subunit SecY  68.69 
 
 
440 aa  581  1e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  6.31755e-08  hitchhiker  3.21163e-06 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3318  preprotein translocase subunit SecY  66.12 
 
 
441 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.150394  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0425  preprotein translocase subunit SecY  65.98 
 
 
437 aa  576  1e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.65116  normal  0.157207 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2305  preprotein translocase subunit SecY  65.73 
 
 
453 aa  576  1e-163  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0325321  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0787  preprotein translocase subunit SecY  65.73 
 
 
442 aa  573  1e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0142235  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0867  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  65.58 
 
 
442 aa  568  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  1.52006e-07  hitchhiker  0.00837403 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2352  preprotein translocase subunit SecY  62.82 
 
 
441 aa  563  1e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.299181  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2149  preprotein translocase, SecY subunit  65.41 
 
 
448 aa  560  1e-158  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0576412  normal  0.122998 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0739  preprotein translocase subunit SecY  62.41 
 
 
440 aa  558  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00521081  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0315  preprotein translocase subunit SecY  63.21 
 
 
437 aa  556  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0598799  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0343  preprotein translocase, SecY subunit  64.24 
 
 
444 aa  551  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000192463  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2304  preprotein translocase subunit SecY  65.46 
 
 
451 aa  553  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0178  preprotein translocase subunit SecY  61.03 
 
 
446 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.08952e-07  hitchhiker  0.00214614 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1009  preprotein translocase subunit SecY  60.46 
 
 
439 aa  549  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00114462  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4670  preprotein translocase subunit SecY  60.33 
 
 
446 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.09869e-07  unclonable  1.21988e-08 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00958  preprotein translocase subunit SecY  59.91 
 
 
434 aa  545  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0058755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3423  preprotein translocase subunit SecY  66.75 
 
 
436 aa  548  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.23916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4298  preprotein translocase subunit SecY  60.33 
 
 
446 aa  546  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.58427e-07  unclonable  8.37901e-11 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4223  preprotein translocase subunit SecY  66.01 
 
 
436 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0505149  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0168  preprotein translocase subunit SecY  60.56 
 
 
446 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.14541e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0204  preprotein translocase subunit SecY  61.03 
 
 
446 aa  544  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  6.62692e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0190  preprotein translocase subunit SecY  60.56 
 
 
446 aa  538  1e-152  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.11222e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0233  preprotein translocase subunit SecY  59.86 
 
 
446 aa  540  1e-152  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.81445e-07  unclonable  1.05897e-05 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0393  preprotein translocase subunit SecY  64.36 
 
 
439 aa  540  1e-152  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0413341  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0216  preprotein translocase subunit SecY  60.8 
 
 
446 aa  538  1e-152  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.5492e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0621  preprotein translocase subunit SecY  64.53 
 
 
439 aa  541  1e-152  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4150  preprotein translocase subunit SecY  60.8 
 
 
446 aa  538  1e-152  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.58721e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0220  preprotein translocase subunit SecY  60.8 
 
 
446 aa  538  1e-152  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  7.98254e-06  hitchhiker  0.00367272 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0401  preprotein translocase subunit SecY  64.36 
 
 
439 aa  540  1e-152  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1042  preprotein translocase subunit SecY  63.86 
 
 
439 aa  540  1e-152  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4036  preprotein translocase subunit SecY  60.8 
 
 
446 aa  538  1e-152  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.84742e-08  unclonable  4.35138e-12 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0219  preprotein translocase subunit SecY  60.56 
 
 
446 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  7.44124e-08  unclonable  3.04117e-11 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0080  preprotein translocase subunit SecY  62.35 
 
 
441 aa  536  1e-151  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0404503  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0214  preprotein translocase subunit SecY  60.56 
 
 
446 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.2283e-06  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0474  preprotein translocase subunit SecY  59.53 
 
 
443 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.733359  hitchhiker  4.33507e-06 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4528  preprotein translocase subunit SecY  58.66 
 
 
444 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447133  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0219  preprotein translocase subunit SecY  60.56 
 
 
446 aa  537  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.10874e-07  hitchhiker  1.76689e-09 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0646  preprotein translocase, SecY subunit  58.66 
 
 
444 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4729  preprotein translocase subunit SecY  59.53 
 
 
443 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0376135  normal  0.430849 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0838  preprotein translocase subunit SecY  61.31 
 
 
434 aa  535  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0507  preprotein translocase subunit SecY  59.53 
 
 
443 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0640452  normal  0.0135524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0504  preprotein translocase subunit SecY  59.53 
 
 
443 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390206  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0478  preprotein translocase subunit SecY  63.11 
 
 
447 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3929  preprotein translocase subunit SecY  64.55 
 
 
436 aa  537  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5059  preprotein translocase subunit SecY  59.12 
 
 
442 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  8.98122e-06  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0251  preprotein translocase subunit SecY  60.33 
 
 
446 aa  534  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2154  preprotein translocase subunit SecY  61.31 
 
 
444 aa  531  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.17062e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2305  preprotein translocase subunit SecY  62.84 
 
 
437 aa  531  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.773218 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0441  preprotein translocase subunit SecY  59.58 
 
 
443 aa  530  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09050  preprotein translocase subunit SecY  57.86 
 
 
442 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.224184 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0340  preprotein translocase subunit SecY  61.97 
 
 
443 aa  531  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00542322  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0857  preprotein translocase subunit SecY  57.86 
 
 
442 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3739  preprotein translocase subunit SecY  60.09 
 
 
446 aa  531  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  6.05107e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00750  preprotein translocase subunit SecY  60.84 
 
 
444 aa  528  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3889  preprotein translocase subunit SecY  57.51 
 
 
442 aa  530  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000822061  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001722  preprotein translocase SecY subunit  61.07 
 
 
444 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  2.28975e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5050  preprotein translocase subunit SecY  63.64 
 
 
437 aa  527  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.34117  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0340  preprotein translocase subunit SecY  62.88 
 
 
435 aa  524  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670272  hitchhiker  0.000594925 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0495  preprotein translocase subunit SecY  62.88 
 
 
439 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4256  preprotein translocase subunit SecY  59.39 
 
 
443 aa  523  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.93642e-05  unclonable  4.48849e-12 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3297  preprotein translocase subunit SecY  61.1 
 
 
447 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3048  preprotein translocase subunit SecY  61.66 
 
 
448 aa  516  1e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.20022  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2756  preprotein translocase, SecY subunit  59.72 
 
 
443 aa  515  1e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.373135  normal  0.477854 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2986  preprotein translocase subunit SecY  59.15 
 
 
448 aa  517  1e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2819  preprotein translocase subunit SecY  61.88 
 
 
448 aa  516  1e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.83211  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3159  preprotein translocase subunit SecY  60.78 
 
 
447 aa  516  1e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453709  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0073  preprotein translocase, SecY subunit  62.06 
 
 
445 aa  514  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.867918  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3624  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  512  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0024204  hitchhiker  3.16341e-11 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0269  preprotein translocase subunit SecY  61.97 
 
 
449 aa  512  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432413  normal  0.0196675 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2999  preprotein translocase subunit SecY  62.05 
 
 
448 aa  511  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0377089  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0287  preprotein translocase subunit SecY  62.42 
 
 
449 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.464033  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0334  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  512  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507904  decreased coverage  0.00438746 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3149  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0275585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3756  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.132887  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3467  preprotein translocase subunit SecY  61.97 
 
 
449 aa  511  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131731  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2930  preprotein translocase subunit SecY  61.82 
 
 
440 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  7.99077e-06 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1944  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0414  preprotein translocase subunit SecY  60.76 
 
 
444 aa  508  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0621  preprotein translocase, SecY subunit  59.91 
 
 
445 aa  510  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.104459  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3784  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3498  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2612  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227089  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0347  preprotein translocase subunit SecY  61.97 
 
 
449 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.85548  normal  0.204606 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3277  preprotein translocase subunit SecY  62.05 
 
 
440 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.821024  hitchhiker  0.000244814 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3726  preprotein translocase subunit SecY  61.43 
 
 
448 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0105177  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2739  preprotein translocase subunit SecY  61.97 
 
 
449 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.123244  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0368  preprotein translocase subunit SecY  61.97 
 
 
449 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142471  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1575  preprotein translocase subunit SecY  57.91 
 
 
435 aa  505  1e-142  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0569624  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0425  preprotein translocase subunit SecY  63.08 
 
 
443 aa  504  1e-142  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0561363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1926  preprotein translocase, SecY subunit  60.19 
 
 
449 aa  508  1e-142  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.796685  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1834  preprotein translocase subunit SecY  57.6 
 
 
442 aa  504  1e-142  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00171083  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0389  preprotein translocase subunit SecY  60.52 
 
 
444 aa  508  1e-142  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0357  preprotein translocase subunit SecY  57.6 
 
 
442 aa  504  1e-142  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.38517e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3802  preprotein translocase subunit SecY  62.62 
 
 
443 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0290035  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0343  preprotein translocase subunit SecY  62.62 
 
 
443 aa  501  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0283563  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3981  preprotein translocase subunit SecY  62.62 
 
 
443 aa  504  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1384  preprotein translocase subunit SecY  58.41 
 
 
443 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>